검찰과 경찰은 90년대 중반부터 각각 범죄자 신원확인을 위한 유전자은행을 구축하려는 시도를 지속해왔다. 데이터베이스 관리 운영 주체를 둘러싸고 벌어진 주도권 다툼과 참여연대 시민과학센터, 진보네트워크센터 등 인권사회단체들의 반발로 유전자 데이터베이스의 구축은 계속 무산되어 왔다. 유전정보는 개인의 민감한 신체정보이고, 체액이나 머리카락 등 신체의 극히 일부분을 통해서도 개인을 식별・추적할 수 있다는 점에서 유전자 데이터베이스 구축은 인간의 존엄성에 대한 침해이자 국가 감시 체제의 강화라는 우려가 제기되었다.그러나 2004년 경찰은 ‘미아찾기사업’의 일환으로 법적 근거도 없이 시설아동 및 부모에 대한 유전자 데이터베이스 구축을 추진하였다. 이후 2005년 5월 31일, ‘실종아동등의 보호 및 지원에 관한 법률’이 국회를 통과하였다. 인권사회단체들은 장기 미아 부모의 입장을 고려하여 이 법안 자체를 저지할 수는 없었지만, 유전자 정보의 수집 및 이용의 남용을 방지하기 위한 조치들이 법안에 반영될 수 있도록 노력하였다.

2005년 2월 3일 호주제도는 위헌판정을 받았고, 호주제 폐지를 골자로 하는 민법 개정안이 같은 해 3월에 통과되었다. 이에 따라 기존 호적법상 호주의 승계, 입적, 취적, 복적 등의 규정이 완전히 삭제되어야 하며, 친양자 신고에 관한 절차적 규정 마련 등 새로운 제도의 도입이 필요하게 되었다. 여성단체와 정보인권단체들은 성평등과 다양한 가족에 대한 차별 해소, 정보인권 보호라는 원칙 하에 목적별 신분증명제도의 입법화를 위해 노력하였다.2004년 3월, 호주제 이후 새로운 신분등록제도 마련을 위해 진보네트워크센터, 지문날인반대연대 등 단체들과 민주노동당은 <목적별신분등록제실현연대>를 결성하였다. 결성 이후 호주제 폐지 촉구 메일 발송, 개인별 신분등록과 성씨선택의 자유를 위한 기자회견, 목적별 신분등록제 마련을 위한 토론회, 호주제 폐지 촉구를 위한 퍼포먼스, 각종 워크샵 개최 등 활동을 전개하였다. 2005년 2월 <목적별신분등록법 제정을 위한 공동행동>으로 연대단체를 재구성하고 입법 활동을 전개하기 시작했다.

제2의 전자주민카드 사업이 추진되었다. 2005년 10월, 행정자치부는 새 주민등록증 사업을 시작하겠다고 발표했다. 2005년 9월부터 2006년 4월까지 한국조폐공사컨소시엄에 ‘정보화시대에 적합한 주민등록증 발전모델 연구’를 발주하였으며, 3차례에 걸친 공청회를 개최하였다. 2006년 9월 22일 발표된 연구결과에 의하면 IC 기반의 스마트카드 채택을 권고하고 있다.진보네트워크센터를 비롯한 시민사회단체들은 2006년 4월 17일, ‘전자주민증 도입 반대와 주민등록제도 개혁을 위한 시민사회단체 기자회견’을 개최하고, 막대한 예산을 들여 굳이 현행 주민등록증을 IC카드로 바꿀 이유가 없으며, 오히려 행정자치부는 주민등록제도 개혁에 나설 것을 촉구하였다. 애초 계획은 2009년부터 새 주민등록증을 도입한다는 방침이었으나, 이후 행정자치부의 후속 계획은 발표되지 않은 상황이다. 

현행 주민등록제도의 핵심적 문제 중의 하나인 주민등록번호에 대한 문제제기도 꾸준이 이루어져 왔다. 주민등록번호는 남한의 국민들에게 태어날 때부터 부여되어 평생토록 변하지 않는 ‘국민식별번호’다. 또한 주민등록번호에는 생년월일, 성별, 출생지 등 개인정보가 노출되어 있다. 그래서 매우 민감한 개인정보임에도 불구하고, 우리나라에서는 공공영역 뿐만 아니라, 민간 영역에서도 쉽게 주민등록번호를 수집할 수 있도록 허용해왔다. 공공과 민간의 개인정보 데이터베이스는 주민등록번호를 열쇠로 하여 상호 연동될 수 있어, 개인정보의 집적과 추적에 용이하다. 이는 주민등록번호가 유출될 경우 추가적인 개인정보 유출의 가능성을 높일 뿐만 아니라, 권력 기관에 의해 개개인들이 감시에 노출될 수 있는 위험성을 갖고 있다.

어쩌면 정보사회에서 가장 위협받게 될 권리는 ‘프라이버시권’일 것이다. 정보통신기술의 발전은 개인간의 소통을 증진시키는 반면, 다른 측면에서는 자신을 타인에게 투명하게 드러내기도 한다. 문제는 이러한 소통성과 투명성이 불균등하게 이루어진다는 점이다. 즉, 불평등한 권력 관계망 속에서 감시하는 자는 드러나지 않고 감시받는 자만이 투명하게 드러난다.

촛불시위의 의제는 쇠고기 협상에 대한 비판으로부터 공공부문 사유화, 의료 민영화, 언론탄압 등으로 확대되었다. 특히, 쇠고기 협상과 촛불시위에 왜곡된 기사를 써대는 조중동 등 보수 언론에 대한 반대운동의 일환으로 광고지면 불매운동이 광범하게 전개되었다. 광고지면 불매운동이 실제로 신문사의 광고 매출을 떨어뜨리는 등 파급력이 커지자, 정부는 이에 대해 전방위적 압력을 행사하기 시작했다.

촛불 시위가 확산되자, 조중동 등 보수언론은 ‘광우병 괴담’론을 제기하며, 인터넷을 통한 여론의 확산을 매도하기 시작했다. 수사기관은 이에 화답하여 관련 게시물과 휴대폰 문자 메시지 등에 대해 수사에 들어갔다. 2008년 5월, 경찰은 다음, 네이버 등 포털사이트에 2MB 탄핵 서명 운동이나 광우병 관련 글을 쓴 21명에 대해 신원확인 요청을 했고, 이들에 대해 명예훼손죄 적용 등을 검토 중이라고 밝혔다. 검찰은 ‘신뢰저해사범 전담팀’을 구성하고, 게시글이 ‘악의적이고 조직적으로’ 유포되었다는 단서가 포착될 경우 사법처리한다고 위협했다. 당시 수사대상으로 거론된 것은 ‘수돗물이나 공기로도 광우병이 전염된다’거나 ‘이명박 대통령이 독도를 포기했다’ ‘5월 17일 중고등학생 동맹휴업하자’ ‘수도 민영화된다’는 등의 주장이었으며, 이는 모두 불법이라고 보기 어려운 것들이었다. 실제로 이 수사는 거의 기소로 이어지지 않았는데, 사실 수사기관의 의도는 형사처벌의 위협을 통해 이용자의 인터넷 활동을 위축(chilling effect)시키는 데 있었을 것으로 보인다.

2002년 위헌판결 이후 개정된 ‘전기통신사업법’은 정보통신윤리위원회의 심의와 정보통신부 장관의 삭제명령권을 그대로 유지함으로써 여전히 위헌적이라는 비판을 받아왔다. 2006년 12월 22일 국회를 통과한 정보통신망법은 인터넷 실명제 도입과 함께, 전기통신사업법에서 규정하던 ‘불법통신의 금지’ 조항과 ‘정보통신윤리위원회’ 근거 조항을 가져오면서 오히려 그 권한을 강화시켰다.개정안은 국가보안법 위반 정보, 범죄를 목적으로 하거나 교사, 방조하는 내용의 정보 등에 대해 정보통신부 장관의 삭제 명령을 ‘의무화’하고 있다. 그 이전에도 정보통신윤리위원회는 북한 관련 게시물이나 정부 비판적인 게시물에 대해 터무니없는 시정요구를 해왔는데, 이제 권고에 그치는 것이 아니라, 정보통신부 장관 명령을 통해 반드시 삭제하겠다는 의지를 보인 것이다. 또한 정보통신윤리위원회 윤리위원으로 상임위원 5인을 두도록 하고, 명예훼손분쟁조정위원회를 신설하는 등 정보통신윤리위원회의 권한을 강화하였다. 한편, 임시조치 제도를 도입하여 명예훼손이라 주장되는 게시물에 대해 인터넷서비스제공자가 신속하게 조치하도록 하였다.

현행 선거법은 선거일 180일 전부터 UCC 등 이용자의 정치적 표현을 규제하고 있다. 2007년 6월, 선거관리위원회가 발표한 ‘선관위 UCC 지침’은 단순한 의견 개진은 허용하되 선거에 영향을 미칠 의도가 있는 행위를 골라 처벌하겠다고 하고 있다. 단순한 의견 개진과 선거에 영향을 미치는 행위를 어떻게 구별할 수 있다는 말인가? 이는 헌법상의 명확성의 원칙을 위배하는 것으로, 선거관리위원회가 자의적으로 ‘사전 선거운동’으로 규정하도록 함으로써 이용자들의 정치적 의사표현을 위축시킬 수 있다. 실제 2007년 대선에서는 1천 명에 육박하는 이용자들이 입건되었으며, 선거시기 임에도 정치적 의사표현이 현격하게 위축된 모습을 보였다.

선거기간은 특히 정치적 표현이 급증하는 시기이다. 그러나 인터넷 실명제와 선거관리위원회의 과도한 규제로 인해 국민들의 정치적 표현의 자유는 선거기간 동안 오히려 제약을 받고 있다.