2004년 미디어참세상은 안정적인 편집, 기사 생산 시스템을 갖추어 나가게 된다. 그러나 2005년 진보네트워크센터는 미디어참세상을 ‘전문적인 진보적 인터넷 매체’로 독립시키기로 결정하였다.진보네트워크센터 ‘미디어참세상’이라는 인터넷 언론을 운영하면서 몇 가지 고민을 안게 되었다. 첫째는 진보네트워크센터라는 틀 내에서는 ‘미디어참세상’이 명실상부한 인터넷 언론으로 인정받기 힘들다는 것이다. 오마이뉴스, 프레시안, 민중의소리 등 타 인터넷 언론은 ‘전문’ 인터넷 언론이다. 그러나 ‘미디어참세상’은 진보넷 포털의 ‘미디어 섹션’일 뿐이다. 이는 ‘미디어 다음’과 같이 여러 언론 매체의 관문 역할을 하면 모를까, ‘특정한 정치적 지향’을 가진 ‘전문 인터넷 언론’으로서는 적합하지 않다. 당시 미디어참세상은 여러 시민사회단체나 이용자들의 콘텐츠를 기반으로 한 ‘미디어 섹션’보다는, 독자적인 진보 뉴스를 생산하는 ‘전문 인터넷 언론’을 지향하였다.


