2002년 위헌판결 이후 개정된 ‘전기통신사업법’은 정보통신윤리위원회의 심의와 정보통신부 장관의 삭제명령권을 그대로 유지함으로써 여전히 위헌적이라는 비판을 받아왔다. 2006년 12월 22일 국회를 통과한 정보통신망법은 인터넷 실명제 도입과 함께, 전기통신사업법에서 규정하던 ‘불법통신의 금지’ 조항과 ‘정보통신윤리위원회’ 근거 조항을 가져오면서 오히려 그 권한을 강화시켰다.
개정안은 국가보안법 위반 정보, 범죄를 목적으로 하거나 교사, 방조하는 내용의 정보 등에 대해 정보통신부 장관의 삭제 명령을 ‘의무화’하고 있다. 그 이전에도 정보통신윤리위원회는 북한 관련 게시물이나 정부 비판적인 게시물에 대해 터무니없는 시정요구를 해왔는데, 이제 권고에 그치는 것이 아니라, 정보통신부 장관 명령을 통해 반드시 삭제하겠다는 의지를 보인 것이다. 또한 정보통신윤리위원회 윤리위원으로 상임위원 5인을 두도록 하고, 명예훼손분쟁조정위원회를 신설하는 등 정보통신윤리위원회의 권한을 강화하였다. 한편, 임시조치 제도를 도입하여 명예훼손이라 주장되는 게시물에 대해 인터넷서비스제공자가 신속하게 조치하도록 하였다.
이후 임시조치를 악용하여 기업비판적인 게시물에 대한 인터넷서비스제공자의 자의적인 차단이 급증하였다. 2007년 6월 11일 다음(Daum)은 ‘삼성코레노 민주노조추진위원회’ 카페를 폐쇄 조치하였으며, 8월 14일 다음과 네이버 등 주요 포털 사이트에서 이랜드 파업 관련 게시물 수십건이 임시조치당했다.
한편, 정보통신부는 2007년 7월 18일, 민중사회단체에 올라온 북한 게시물을 삭제하라고 권고하였으며, 8월 8일 정보통신윤리위원회는 공식적으로 삭제 요구를 하였다. 이에 불응하자, 같은 해 9월 18일 정보통신부는 북한게시물에 대한 삭제 명령을 내렸다. 문화연대, 민주사회를위한변호사모임, 민주주의법학연구회, 인권단체연석회의, 전국민주노동조합총연맹, 진보네트워크센터, 참여연대, 함께하는시민행동, 한국진보연대 등은 2007년 7월, <정보통신 감시‧검열 제도 폐지를 위한 시민사회단체 연석회의(준)> 구성하고, 정부의 삭제 명령을 거부하였으며 정보통신망법에 대한 헌법소원을 준비하였다. 같은 해 10월 8일 정보통신부는 해당 단체들을 검찰에 고발하였다.
그러나 정보통신망법은 이 사안이 아니라, 2008년 조중동 광고주 불매운동 게시물에 대한 방송통신심의위원회(2008년 이명박 정부의 정부조직 개편에 따라 정보통신윤리위원회는 없어지고, 그 기능은 방송통신심의위원회가 맡게 되었다)의 삭제 요구 이후, 2008년 7월 16일 헌법소원이 제기되었다.
