2006년 12월 40호를 끝으로 월간 <네트워커>를 종간한 후, 진보네트워크센터는 온라인을 활성화하는 쪽으로 방향을 전환하였다. 이는 크게 3가지 방향 속에서 추진되었다.첫째는 정보운동 포털 ‘액트온'(http://acton.jinbo.net) 사이트의 구축. 진보네트워크센터가 설립된 지 10년이 되었지만, 그 동안의 정보통신운동의 역사가 체계적으로 정리되어 있지 않고 서로 다른 이슈 홈페이지나 게시판에 자료들이 분산되어 있어서, 어떤 이슈에 대해 역사적인 맥락이나 관련 자료에 접근하기 쉽지 않았다. 이에 ‘위키’ 시스템을 도입하여 주제별로 쟁점, 주요 활동, 관련 자료 등을 체계적으로 정리하였다. 또한 웹진 액트온의 발간을 통해 해당 시기 쟁점이 되는 사안에 대해 소개하고, 정보통신운동 메타사이트 구축을 통해 관련 블로거들의 포스팅과 폭넓게 연결될 수 있도록 도모하였다.
정보통신정책 혹은 정보인권의 주요 내용을 일반 대중들에게 쉽게 알리기 위한 노력도 계속되었다. 2001년부터 매해 개최된 전국정보운동포럼은 정보운동 활동가들의 교류의 장이자 교육의 장이기도 했다.정보운동 주요 이슈에 대한 강좌를 개최하기도 했다. 2001년 9월 15일~10월 19일, 표현의 자유, 감시와 프라이버시, 지적재산권, 인터넷 거버넌스, 사회운동의 정보화 등 5개 주제로 한 달동안 ‘정보화와 인권’ 정보운동강좌를 열었다. 2003년 7월에도 ‘정보인권강좌’를 개설하였으며, 2004년에는 2월 6일에서 4월 16일까지 정보인권 공개세미나를 개최하였다. 2005년 9월 23일~24일에는 대학생들을 대상으로 ‘2005 대학정보인권포럼’을 개최하기도 했다.
2005년 2월 3일 호주제도는 위헌판정을 받았고, 호주제 폐지를 골자로 하는 민법 개정안이 같은 해 3월에 통과되었다. 이에 따라 기존 호적법상 호주의 승계, 입적, 취적, 복적 등의 규정이 완전히 삭제되어야 하며, 친양자 신고에 관한 절차적 규정 마련 등 새로운 제도의 도입이 필요하게 되었다. 여성단체와 정보인권단체들은 성평등과 다양한 가족에 대한 차별 해소, 정보인권 보호라는 원칙 하에 목적별 신분증명제도의 입법화를 위해 노력하였다.2004년 3월, 호주제 이후 새로운 신분등록제도 마련을 위해 진보네트워크센터, 지문날인반대연대 등 단체들과 민주노동당은 <목적별신분등록제실현연대>를 결성하였다. 결성 이후 호주제 폐지 촉구 메일 발송, 개인별 신분등록과 성씨선택의 자유를 위한 기자회견, 목적별 신분등록제 마련을 위한 토론회, 호주제 폐지 촉구를 위한 퍼포먼스, 각종 워크샵 개최 등 활동을 전개하였다. 2005년 2월 <목적별신분등록법 제정을 위한 공동행동>으로 연대단체를 재구성하고 입법 활동을 전개하기 시작했다.
촛불시위의 의제는 쇠고기 협상에 대한 비판으로부터 공공부문 사유화, 의료 민영화, 언론탄압 등으로 확대되었다. 특히, 쇠고기 협상과 촛불시위에 왜곡된 기사를 써대는 조중동 등 보수 언론에 대한 반대운동의 일환으로 광고지면 불매운동이 광범하게 전개되었다. 광고지면 불매운동이 실제로 신문사의 광고 매출을 떨어뜨리는 등 파급력이 커지자, 정부는 이에 대해 전방위적 압력을 행사하기 시작했다.
촛불 시위가 확산되자, 조중동 등 보수언론은 ‘광우병 괴담’론을 제기하며, 인터넷을 통한 여론의 확산을 매도하기 시작했다. 수사기관은 이에 화답하여 관련 게시물과 휴대폰 문자 메시지 등에 대해 수사에 들어갔다. 2008년 5월, 경찰은 다음, 네이버 등 포털사이트에 2MB 탄핵 서명 운동이나 광우병 관련 글을 쓴 21명에 대해 신원확인 요청을 했고, 이들에 대해 명예훼손죄 적용 등을 검토 중이라고 밝혔다. 검찰은 ‘신뢰저해사범 전담팀’을 구성하고, 게시글이 ‘악의적이고 조직적으로’ 유포되었다는 단서가 포착될 경우 사법처리한다고 위협했다. 당시 수사대상으로 거론된 것은 ‘수돗물이나 공기로도 광우병이 전염된다’거나 ‘이명박 대통령이 독도를 포기했다’ ‘5월 17일 중고등학생 동맹휴업하자’ ‘수도 민영화된다’는 등의 주장이었으며, 이는 모두 불법이라고 보기 어려운 것들이었다. 실제로 이 수사는 거의 기소로 이어지지 않았는데, 사실 수사기관의 의도는 형사처벌의 위협을 통해 이용자의 인터넷 활동을 위축(chilling effect)시키는 데 있었을 것으로 보인다.
2008년, 이명박 정부는 출범하자마자 미국과 쇠고기 수입 협상을 타결하였고, 광우병에 대한 우려와 졸속 협상에 대한 비판이 인터넷을 통해 급속도로 확산되었다. 2008년 5월 이후 100일이 넘는 기간 동안 서울 시내는 촛불로 가득찼고, 이 과정에서도 인터넷은 커다란 역할을 하였다. 다음(Daum) 아고라로 대표하는 인터넷 커뮤니티들을 통해 경찰의 폭력 현장이 사진과 동영상으로 폭로되는가 하면, 촛불 시위의 전략이 토론되기도 하였으며, 민중언론 참세상, 진보신당의 칼라TV 등 인터넷 언론을 통한 생중계가 이루어졌을 뿐만 아니라, 일반 네티즌들이 캠코더와 노트북을 들고 무선 인터넷과 아프리카(afreeca) 사이트를 통해 직접 생중계를 하기도 하였다.
2002년 위헌판결 이후 개정된 ‘전기통신사업법’은 정보통신윤리위원회의 심의와 정보통신부 장관의 삭제명령권을 그대로 유지함으로써 여전히 위헌적이라는 비판을 받아왔다. 2006년 12월 22일 국회를 통과한 정보통신망법은 인터넷 실명제 도입과 함께, 전기통신사업법에서 규정하던 ‘불법통신의 금지’ 조항과 ‘정보통신윤리위원회’ 근거 조항을 가져오면서 오히려 그 권한을 강화시켰다.개정안은 국가보안법 위반 정보, 범죄를 목적으로 하거나 교사, 방조하는 내용의 정보 등에 대해 정보통신부 장관의 삭제 명령을 ‘의무화’하고 있다. 그 이전에도 정보통신윤리위원회는 북한 관련 게시물이나 정부 비판적인 게시물에 대해 터무니없는 시정요구를 해왔는데, 이제 권고에 그치는 것이 아니라, 정보통신부 장관 명령을 통해 반드시 삭제하겠다는 의지를 보인 것이다. 또한 정보통신윤리위원회 윤리위원으로 상임위원 5인을 두도록 하고, 명예훼손분쟁조정위원회를 신설하는 등 정보통신윤리위원회의 권한을 강화하였다. 한편, 임시조치 제도를 도입하여 명예훼손이라 주장되는 게시물에 대해 인터넷서비스제공자가 신속하게 조치하도록 하였다.
2003년 8월, 중앙선거관리위원회는 국회에 제출한 선거법 개정안에 정당‧후보자‧예비후보자 및 인터넷언론사를 대상으로 한 인터넷 게시판 실명제를 포함하였다. "정당‧후보자‧예비후보자 및 인터넷언론사는 선거일전 120일(대통령선거에 있어서는 300일)부터 그 명의로 개설‧운영하는 인터넷 홈페이지의 게시판‧대화방등(인터넷언론사의 경우 선거기사를 게시하고 그 기사에 대한 의사표시를 할 수 있도록 하는 곳에 한한다)에 선거에 관한 의사표시를 할 수 있도록 하는 경우에는 당해 인터넷 홈페이지를 관리·운영하는 자가 의사표시자의 성명과 주민등록번호를 확인할 수 있는 기술적 조치를 하여야 한다". 그리고 국회 정치개혁특위는 2004년 2월 9일 선거시기 게시판 실명제를 도입하기로 합의하였다.
