촛불 시위가 확산되자, 조중동 등 보수언론은 ‘광우병 괴담’론을 제기하며, 인터넷을 통한 여론의 확산을 매도하기 시작했다. 수사기관은 이에 화답하여 관련 게시물과 휴대폰 문자 메시지 등에 대해 수사에 들어갔다. 2008년 5월, 경찰은 다음, 네이버 등 포털사이트에 2MB 탄핵 서명 운동이나 광우병 관련 글을 쓴 21명에 대해 신원확인 요청을 했고, 이들에 대해 명예훼손죄 적용 등을 검토 중이라고 밝혔다. 검찰은 ‘신뢰저해사범 전담팀’을 구성하고, 게시글이 ‘악의적이고 조직적으로’ 유포되었다는 단서가 포착될 경우 사법처리한다고 위협했다. 당시 수사대상으로 거론된 것은 ‘수돗물이나 공기로도 광우병이 전염된다’거나 ‘이명박 대통령이 독도를 포기했다’ ‘5월 17일 중고등학생 동맹휴업하자’ ‘수도 민영화된다’는 등의 주장이었으며, 이는 모두 불법이라고 보기 어려운 것들이었다. 실제로 이 수사는 거의 기소로 이어지지 않았는데, 사실 수사기관의 의도는 형사처벌의 위협을 통해 이용자의 인터넷 활동을 위축(chilling effect)시키는 데 있었을 것으로 보인다. 다만, 수사기관은 ‘5월 17일 동맹휴업’을 제안한 19세 청소년을 학교 영업방해 혐의로 불구속 입건하였는데, 이는 법원에서 무죄판결을 받았다.
한편, 한겨레21에 의해 밝혀진 정부 회의 문건(2008년 5월 9일, 부처대변인참고자료)에 따르면, 정부는 인터넷을 ‘부정적 여론 확산의 진원지’로 보고 있으며, 이에 대한 각 부처의 적극적인 관리를 요청하고 있다. 문화부 홍보지원국에 ‘인터넷 조기대응반’이라는 이름의 비공식 조직이 꾸려지는가 하면, 포털사이트들이 잇달아 세부조사를 통보받았으며, 방송통신위원회 관계자가 포털사이트에 전화를 걸어 미국산 쇠고기 수입과 관련한 이명박 대통령 비판 댓글을 삭제해달라고 요청하기도 했다.
방송통신심의위원회는 2008년 5월 28일 출범하자마자 다음 카페 <이명박 탄핵을 위한 범국민운동본부>에 올라온 게시글에 대해 대통령을 비하하는 언어를 쓰지 말라며 ‘언어 순화와 과장된 표현의 자제 권고’를 내리는 등 정치적인 심의를 하였다. 심의위는 이명박을 빗대 ‘머리용량 2MB’, ‘간사한 사람’ 등으로 표현하는 것은 인격을 폄하하는 것이라고 지적했다.
