최근 방통융합이라 불리우는 새로운 미디어 환경은 전통적인 통신/방송의 경계를 허물어뜨리고 있다. DMB, IPTV 등 새로운 매체의 등장과 UCC로 표현되는 포털의 멀티미디어 전략, 그리고 방송통신위원회 설립 등 정부조직과 법제의 개편 등은 모두 일련의 흐름 속에서 나타나는 현상이다. 2002년 인터넷이 한국사회에 막대한 영향을 끼쳤던 것과 다르게, 방통융합이라 표현되는 통합미디어환경은 자본이 보다 주도적인 역할을 하고 있다.이런 미디어 환경의 변화는 진보넷에 두 가지 과제를 던져주고 있다. 첫째, 멀티미디어 중심, 그리고 멀티 플랫폼 환경에 대한 적절한 기술적 대응. 둘째, 과거 통신(인터넷)을 중심으로 한 활동에서 벗어나 통합 지향적으로 변모하는 미디어 전반에 걸친 연구와 정책 개입활동이 요구되고 있다.
2006년 12월 40호를 끝으로 월간 <네트워커>를 종간한 후, 진보네트워크센터는 온라인을 활성화하는 쪽으로 방향을 전환하였다. 이는 크게 3가지 방향 속에서 추진되었다.첫째는 정보운동 포털 ‘액트온'(http://acton.jinbo.net) 사이트의 구축. 진보네트워크센터가 설립된 지 10년이 되었지만, 그 동안의 정보통신운동의 역사가 체계적으로 정리되어 있지 않고 서로 다른 이슈 홈페이지나 게시판에 자료들이 분산되어 있어서, 어떤 이슈에 대해 역사적인 맥락이나 관련 자료에 접근하기 쉽지 않았다. 이에 ‘위키’ 시스템을 도입하여 주제별로 쟁점, 주요 활동, 관련 자료 등을 체계적으로 정리하였다. 또한 웹진 액트온의 발간을 통해 해당 시기 쟁점이 되는 사안에 대해 소개하고, 정보통신운동 메타사이트 구축을 통해 관련 블로거들의 포스팅과 폭넓게 연결될 수 있도록 도모하였다.
정보통신정책 혹은 정보인권의 주요 내용을 일반 대중들에게 쉽게 알리기 위한 노력도 계속되었다. 2001년부터 매해 개최된 전국정보운동포럼은 정보운동 활동가들의 교류의 장이자 교육의 장이기도 했다.정보운동 주요 이슈에 대한 강좌를 개최하기도 했다. 2001년 9월 15일~10월 19일, 표현의 자유, 감시와 프라이버시, 지적재산권, 인터넷 거버넌스, 사회운동의 정보화 등 5개 주제로 한 달동안 ‘정보화와 인권’ 정보운동강좌를 열었다. 2003년 7월에도 ‘정보인권강좌’를 개설하였으며, 2004년에는 2월 6일에서 4월 16일까지 정보인권 공개세미나를 개최하였다. 2005년 9월 23일~24일에는 대학생들을 대상으로 ‘2005 대학정보인권포럼’을 개최하기도 했다.
진보네트워크센터는 2000년 6월부터 홈페이지 콘테츠를 누구나 자유롭게 접근, 이용, 복제할 수 있도록 하자는 취지의 홈페이지 카피레프트(No Copyright, Just Copyleft!) 캠페인을 벌였다. 그러나 이 캠페인은 선언적인 의미를 가질 뿐, 저작물의 이용허락의 범위나 책임 등에 대해 구체적인 규정을 갖고 있는 것은 아니었다. 카피레프트 운동을 시작한 자유소프트웨어재단의 GPL 라이선스, 소프트웨어 외 저작물을 공유하기 위한 대안 라이선스로서 세계적인 흐름을 주도하고 있는 크리에이티브 커먼스 라이선스(Creative Commons License)는 모두 약관 형태의 구체적인 규정을 포함하고 있다.
진보네트워크센터는 2002년 <투자협정‧WTO 반대 국민행동 도하개발어젠다(DDA) 대응팀>에 참여하는 등 신자유주의 세계화 반대입장을 견지해왔다. 특히 국내 지적재산권 제도는 세계무역기구(WTO) 트립스(TRIPs) 협정이나 세계지적재산권기구(WIPO)의 협정에 의해 규정되기에, 지적재산권에 대한 비판은 국제적인 신자유주의 반대와 연결될 수밖에 없었다.
글리벡 강제실시가 불허된 이후에도, 진보네트워크센터와 정보공유연대는 강제실시를 이슈화하기 위한 노력을 계속했다. 2001년 11월 ‘TRIPS 협정과 공중보건에 관한 도하선언문’에서는 의약품 접근권 확보를 비롯한 공공의 건강보호가 제약회사의 특허권보다 우선한다는 것을 명시하였다. 이 선언문의 요구에 의하여 WTO 일반이사회는 2003년 8월, ‘수출을 위한 강제실시’를 허용하는 정책을 채택하였다. 개도국의 경우 의약품 특허를 강제실시할 권리가 있음에도 불구하고 이를 생산할 시설이 없어 TRIPS 협정의 강제실시 조항을 활용할 수 없는 경우가 발생하고 있다. 결국 의약품 생산설비가 없는 나라(수입국)는 의약품 생산능력이 있는 나라(수출국)로부터 수입을 해야 하는데, 수출국에서도 같은 의약품이 강제실시되지 않으면 수입국의 강제실시는 무용지물이 된다. 따라서 이를 해결하기 위한 방안이 수출을 위한 강제실시이다. 진보네트워크센터와 정보공유연대는 2004년 11월 26일, 열린우리당 김태홍, 민주노동당 조승수 의원 등을 통해 수출을 위한 강제실시를 국내 법에 반영하기 위한 특허법 개정안을 국회에 제출했다.
2000년 이후 정부는 디지털 환경에서의 저작권과 관련한 법개정을 거의 매해 추진해왔다. 디지털 환경에서 저작권의 권리와 제한을 어떻게 규정할 것인지는 폭넓은 연구와 토론 속에서 신중하게 검토되어야 함에도 불구하고, 정부가 제출한 저작권법 개정안은 단지 저작권자의 권리를 강화하는 방향으로 편향된 것이었으며, 이에 따라 공정이용의 권리는 계속 위축되어 왔다. 문화는 비영리적 소통과 생산을 포괄하는 것임에도 불구하고, 정부가 문화를 보는 관점은 ‘문화산업의 육성’에 한정되어 있었다.
2005년 11월 22일 오후 7시, 대방동 여성플라자 아트홀에서는 <2005 빅브라더상 행사>가 개최되었다. 빅브라더상은 영국에 본부를 두고 있는 프라이버시 인터내셔날 (Privacy International, http://www.privacyinternational.org)에서 대표적인 프라이버시 침해 기관‧업체들에게 문제제기하고 프라이버시 보호를 위해 활동해온 기관‧업체들을 기리기 위해 제정한 상이다. 현재 영국, 미국, 독일, 프랑스, 이탈리아, 일본 등 전 세계 20여 국가에서 이 상을 제정, 매년 시상식을 거행하고 있다.