2007년 외교통상부는 지문을 수록함과 동시에 여권을 전자화하는 생체(전자) 여권 도입을 추진하였다. 이는 2005년 9월 위·변조 방지 등 보안강화를 위해 사진부착식 구 여권을 사진전사식 신 여권으로 교체·발급한 지 불과 1년만에 추진되기 시작한 것이다. 정부가 설명한 도입목적은 1년전의 목적―보안강화, 국민편의 제공 등―과 똑같았고 인권침해와 예산낭비 논란이 제기되었다. 진보네트워크센터, 천주교인권위원회 등은 인권단체연석회의에 생체여권 대응팀을 만들고 이에 대응하였다.(http://biopass.jinbo.net) 그러나 2007년 9월 발의된 여권법 개정안은 외교통상부의 압력과 국회의원들의 무관심 속에 2008년 2월, 지문수록만 2년 유예된 상태로 국회 통외통위를 통과하였다.
검찰과 경찰은 90년대 중반부터 각각 범죄자 신원확인을 위한 유전자은행을 구축하려는 시도를 지속해왔다. 데이터베이스 관리 운영 주체를 둘러싸고 벌어진 주도권 다툼과 참여연대 시민과학센터, 진보네트워크센터 등 인권사회단체들의 반발로 유전자 데이터베이스의 구축은 계속 무산되어 왔다. 유전정보는 개인의 민감한 신체정보이고, 체액이나 머리카락 등 신체의 극히 일부분을 통해서도 개인을 식별・추적할 수 있다는 점에서 유전자 데이터베이스 구축은 인간의 존엄성에 대한 침해이자 국가 감시 체제의 강화라는 우려가 제기되었다.그러나 2004년 경찰은 ‘미아찾기사업’의 일환으로 법적 근거도 없이 시설아동 및 부모에 대한 유전자 데이터베이스 구축을 추진하였다. 이후 2005년 5월 31일, ‘실종아동등의 보호 및 지원에 관한 법률’이 국회를 통과하였다. 인권사회단체들은 장기 미아 부모의 입장을 고려하여 이 법안 자체를 저지할 수는 없었지만, 유전자 정보의 수집 및 이용의 남용을 방지하기 위한 조치들이 법안에 반영될 수 있도록 노력하였다.
서울 강남구청과 강남경찰서가 2002년 12월 5대의 CCTV를 설치한 이래, 지방자치단체와 경찰청 등은 범죄예방 및 범죄수사의 명목으로 아무런 법적 근거도 없이 CCTV를 마구잡이로 도입하였다. 또한, 편의점, 지하철, 목욕탕, 어린이집 등 민간영역의 CCTV 설치도 아무런 규제가 없는 상황에서 급속하게 확대되고 있다. 진보네트워크센터는 CCTV 설치를 제한하고, 근거 법률을 제정할 것을 주장해왔다.
2001년 12월 29일 개정된 통신비밀보호법은 검사장의 승인만으로, 긴급한 사유가 있을 경우에는 사후 승인으로도 통신일시, 발‧착신 통신번호, 통신회수 등 ‘통신사실확인자료’를 전기통신사업자에게 요청할 수 있도록 하였다. 과거 수사기관은 전기통신사업법에 의해 협조공문 하나로 가입자 정보와 통신사실확인자료를 요청할 수 있었다. 그런데, 2000년 1월 28일, 수사기관이 조회할 수 있는 내용을 "성명, 주민등록번호, 주소, 가입 또는 해지일자"로 제한하도록 전기통신사업법이 개정되자, 통신비밀보호법을 통해 통신사실확인자료를 요청할 수 있도록 개정한 것이다.그러나 통화 상대방이나 통화 일시 등 통신사실확인자료 역시 통화내역 못지않게 비밀이 지켜져야할 통신 내용이다. 이에 진보네트워크센터는 2002년 3월 27일 통신비밀보호법에 대해 헌법소원심판청구를 했으며, 2003년 10월 9일 , 민주사회를위한변호사모임, 인권운동사랑방, 참여연대와 함께 통화내역 조회시에 영장주의를 도입하는 것을 주요 내용으로 하는 통신비밀보호법 개정 청원을 국회에 제출했다.
2005년 2월 3일 호주제도는 위헌판정을 받았고, 호주제 폐지를 골자로 하는 민법 개정안이 같은 해 3월에 통과되었다. 이에 따라 기존 호적법상 호주의 승계, 입적, 취적, 복적 등의 규정이 완전히 삭제되어야 하며, 친양자 신고에 관한 절차적 규정 마련 등 새로운 제도의 도입이 필요하게 되었다. 여성단체와 정보인권단체들은 성평등과 다양한 가족에 대한 차별 해소, 정보인권 보호라는 원칙 하에 목적별 신분증명제도의 입법화를 위해 노력하였다.2004년 3월, 호주제 이후 새로운 신분등록제도 마련을 위해 진보네트워크센터, 지문날인반대연대 등 단체들과 민주노동당은 <목적별신분등록제실현연대>를 결성하였다. 결성 이후 호주제 폐지 촉구 메일 발송, 개인별 신분등록과 성씨선택의 자유를 위한 기자회견, 목적별 신분등록제 마련을 위한 토론회, 호주제 폐지 촉구를 위한 퍼포먼스, 각종 워크샵 개최 등 활동을 전개하였다. 2005년 2월 <목적별신분등록법 제정을 위한 공동행동>으로 연대단체를 재구성하고 입법 활동을 전개하기 시작했다.
제2의 전자주민카드 사업이 추진되었다. 2005년 10월, 행정자치부는 새 주민등록증 사업을 시작하겠다고 발표했다. 2005년 9월부터 2006년 4월까지 한국조폐공사컨소시엄에 ‘정보화시대에 적합한 주민등록증 발전모델 연구’를 발주하였으며, 3차례에 걸친 공청회를 개최하였다. 2006년 9월 22일 발표된 연구결과에 의하면 IC 기반의 스마트카드 채택을 권고하고 있다.진보네트워크센터를 비롯한 시민사회단체들은 2006년 4월 17일, ‘전자주민증 도입 반대와 주민등록제도 개혁을 위한 시민사회단체 기자회견’을 개최하고, 막대한 예산을 들여 굳이 현행 주민등록증을 IC카드로 바꿀 이유가 없으며, 오히려 행정자치부는 주민등록제도 개혁에 나설 것을 촉구하였다. 애초 계획은 2009년부터 새 주민등록증을 도입한다는 방침이었으나, 이후 행정자치부의 후속 계획은 발표되지 않은 상황이다.
현행 주민등록제도의 핵심적 문제 중의 하나인 주민등록번호에 대한 문제제기도 꾸준이 이루어져 왔다. 주민등록번호는 남한의 국민들에게 태어날 때부터 부여되어 평생토록 변하지 않는 ‘국민식별번호’다. 또한 주민등록번호에는 생년월일, 성별, 출생지 등 개인정보가 노출되어 있다. 그래서 매우 민감한 개인정보임에도 불구하고, 우리나라에서는 공공영역 뿐만 아니라, 민간 영역에서도 쉽게 주민등록번호를 수집할 수 있도록 허용해왔다. 공공과 민간의 개인정보 데이터베이스는 주민등록번호를 열쇠로 하여 상호 연동될 수 있어, 개인정보의 집적과 추적에 용이하다. 이는 주민등록번호가 유출될 경우 추가적인 개인정보 유출의 가능성을 높일 뿐만 아니라, 권력 기관에 의해 개개인들이 감시에 노출될 수 있는 위험성을 갖고 있다.
지문을 비롯한 생체정보를 이용한 기술은 급속히 확산되고 있다. 이미 알려진 영역만 살펴봐도 △ 관공서의 무인민원서류발급, △ 학교, 학원에서의 수업일수 확인, △ 대학도서관에서의 무인좌석발급, △ 대학건물을 포함한 건물 무인출입관리 등에 지문식별기술이 도입되어 사용되고 있다.그러나, 2005년 5월 26일, 헌법재판소는 전국민 지문날인제도에 대해 합헌결정을 내렸다. 법적 근거도 없이 수집되고 있는 지문정보에 대해 헌법재판소는 범죄수사에 효율적이기 때문에 합헌이라는 요지의 무리한 판결을 내린 것이다. 이는 현 사회체제의 유지에 큰 영향을 미치는 사안에 대해서는 매우 보수적인 입장을 견지하는 헌법재판소의 경향을 보여준다. 이 판결에 대해 진보네트워크센터, 지문날인반대연대 등은 비판 기자회견, 토론회, 서명운동 등으로 그 부당함을 알리고자 했으나, 헌법재판소의 결정 자체를 뒤집을 방안은 없었기 때문에, 향후 지문날인 폐지를 위한 운동은 주민등록법 개정을 추진하는 것으로 방향을 잡았다.
