2001년 12월 29일 개정된 통신비밀보호법은 검사장의 승인만으로, 긴급한 사유가 있을 경우에는 사후 승인으로도 통신일시, 발‧착신 통신번호, 통신회수 등 ‘통신사실확인자료’를 전기통신사업자에게 요청할 수 있도록 하였다. 과거 수사기관은 전기통신사업법에 의해 협조공문 하나로 가입자 정보와 통신사실확인자료를 요청할 수 있었다. 그런데, 2000년 1월 28일, 수사기관이 조회할 수 있는 내용을 "성명, 주민등록번호, 주소, 가입 또는 해지일자"로 제한하도록 전기통신사업법이 개정되자, 통신비밀보호법을 통해 통신사실확인자료를 요청할 수 있도록 개정한 것이다.
그러나 통화 상대방이나 통화 일시 등 통신사실확인자료 역시 통화내역 못지않게 비밀이 지켜져야할 통신 내용이다. 이에 진보네트워크센터는 2002년 3월 27일 통신비밀보호법에 대해 헌법소원심판청구를 했으며, 2003년 10월 9일 , 민주사회를위한변호사모임, 인권운동사랑방, 참여연대와 함께 통화내역 조회시에 영장주의를 도입하는 것을 주요 내용으로 하는 통신비밀보호법 개정 청원을 국회에 제출했다.
결국 2005년 5월, 통신사실확인자료 제공을 요청할 경우에도 법원의 허가를 받도록 통신비밀보호법이 개정되었다. 그런데 법무부가 같은 해 6월 28일 입법예고한 통신비밀보호법 시행령 개정안에 따르면, 전기통신사업자가 통신사실확인자료를 12개월 동안(시내전화 및 인터넷 로그기록 자료는 6개월) 보관하도록 하였으며, ‘피의자‧피내사자가 아닌 다수인에 대하여 통신사실 확인자료를 제공 요청’할 수 있도록 하였다. 즉, 수사 편의를 목적으로 국민들의 통신 기록 보관을 의무화한 것이다. 이는 통신사실확인자료의 보호를 엄격하게 하겠다는 통신비밀보호법 개정 취지에도 역행하는 것이었다. 이는 웹호스팅 등의 서비스를 제공하고 있는 진보네트워크센터에도 직접적으로 관련된 문제였다. 진보네트워크는 이용자의 프라이버시 보호를 위해 서버 로그에 IP주소를 남기지 않는 정책을 취하고 있었기 때문이다.
그러나 이는 시행령에만 규정되어 있을 뿐, 별도의 처벌 규정은 존재하지 않았다. 그런데 정부는 통신비밀보호법 개정을 통해 통신사실확인자료의 보관을 의무화하려 시도했다. 2007년 6월 22일, 국회 법제사법위원회는 통신비밀보호법 개정안을 통과시켰는데, 이 법률에 따르면 휴대폰 및 인터넷 사업자 등 모든 전기통신사업자는 반드시 감청 설비를 갖추어야 하며, 모든 이용자의 통신 자료를 최대 1년 동안 보관하도록 하였다. 진보네트워크센터를 비롯한 인권사회단체들은 통신비밀보호법 개정안에 대한 반대 운동을 전개하였다. 개정안은 같은 해 7월 2일 국회 본회의에 상정되었는데, 인권사회단체들은 열린우리당 유승희 의원을 통해 법사위안을 삭제하는 통신비밀보호법 대안을 상정하였다. 논란이 계속되자 개정안은 본회의에 계속 계류되었으며, 2008년 1월 16일 국가인권위원회도 의견을 내어 "감청이 상시적으로 행해질 수 있다는 인식을 조성하면서 국민의 사생활 및 프라이버시를 크게 위축시킬 수 있고 통신사업자에 의한 악용 소지가 있다"는 문제점과 "사업자에게 통신자료를 일정기간 의무적으로 보관케 하는 것은 개인정보보호에 역행하고 법제정 취지에 위배된다"는 점을 지적하였다.
결국 통신비밀보호법은 본회의를 통과하지 못하고, 17대 국회 종료와 함께 자동 폐기되었다. 그러나 국가정보원은 18대 국회에 통신비밀보호법 개정안을 재발의할 예정이다.
2007년 4월 3일, 통신비밀보호법 반대 기자회견
