현행 주민등록제도의 핵심적 문제 중의 하나인 주민등록번호에 대한 문제제기도 꾸준이 이루어져 왔다. 주민등록번호는 남한의 국민들에게 태어날 때부터 부여되어 평생토록 변하지 않는 ‘국민식별번호’다. 또한 주민등록번호에는 생년월일, 성별, 출생지 등 개인정보가 노출되어 있다. 그래서 매우 민감한 개인정보임에도 불구하고, 우리나라에서는 공공영역 뿐만 아니라, 민간 영역에서도 쉽게 주민등록번호를 수집할 수 있도록 허용해왔다. 공공과 민간의 개인정보 데이터베이스는 주민등록번호를 열쇠로 하여 상호 연동될 수 있어, 개인정보의 집적과 추적에 용이하다. 이는 주민등록번호가 유출될 경우 추가적인 개인정보 유출의 가능성을 높일 뿐만 아니라, 권력 기관에 의해 개개인들이 감시에 노출될 수 있는 위험성을 갖고 있다.
2005년은 주민등록번호의 문제점에 대한 대중적 인식을 한층 높였던 한 해였다. 2005년 초에 3회에 걸쳐 월간 <네트워커>에 연재되어 큰 사회적 관심을 불러 일으킨 ‘공공기관 홈페이지 주민등록번호 노출 실태 조사’는 직접적으로 국가 기관의 반응을 이끌어냈다. 행정자치부는 공공기관 홈페이지에 대해 주민등록번호를 보호할 수 있는 수단을 발표했고, 정보통신부는 인터넷에서 주민등록번호를 사용하지 않는 방안(주민등록번호 대체수단인 IPIN)을 제시했다.
2005년 후반기부터 2006년 초까지 진보네트워크센터는 한상희 건국대 교수팀과 함께 ‘주민등록번호 사용현황 실태조사 프로젝트’를 국가인권위원회의 지원으로 수행했으며, 2006년 3월 4일 국가인권위원회에서 보고대회를 개최하였다. 이 프로젝트는 공공 및 민간 영역에서 주민등록번호가 얼마나 광범위하게 수집‧이용되고 있는지 현황을 파악할 수 있는 1차 자료의 생산이라는 점에서 의미가 있다.
2006년 초에는 온라인 게임업체 ‘리니지’에서 대량의 명의도용 사태가 발생했다. 한국의 주민등록번호 등 개인정보가 중국 등지에서 대량으로 거래되고 있다는 것도 알려졌다. 진보네트워크센터는 주민등록번호를 이용한 실명확인 시스템의 폐기, 주민등록번호의 민간수집 금지, 개인정보보호위원회 설립 등을 요구했다. 또한 주민등록번호가 유출되었을 경우 추가 피해를 막기 위해 주민등록번호를 바꿀 수 있도록 해야한다고 주장했다. 그러나 이에 대한 정부의 대책은 주민등록번호를 도용한 경우 처벌을 강화하는 것 뿐이었다.
이러한 정부의 미진한 대책은 관련 피해를 반복해서 양산하고 있다. 특히, 2008년 초 대규모 개인정보 유출 사고가 발생했는데, 온라인 거래 사이트인 옥션에서 회원 1천81만명의 개인정보가 해킹에 의해 유출된 것에 이어, 초고속인터넷 업계 2위인 하나로텔레콤이 600여 만 명의 고객정보 8천530여 만 건을 고의로 유출한 것으로 드러난 것이다. 2008년 5월 2일, 문화연대, 민주사회를위한변호사모임, 진보네트워크센터, 참여연대, 함께하는시민행동 등 시민사회단체들은 주민등록번호 유출에 의한 후속피해를 막기위한 대책으로 행정안전부에 주민등록번호 변경 청구를 하였다. 그러나 행정안전부는 현행법률 상의 근거가 없다는 이유로 이를 거부하였다.
진보네트워크센터는 정보통신망법 및 주민등록법 개정, 개인정보보호기본법 제정 등을 통해 주민등록번호의 민간 수집 금지, 주민등록번호를 비롯한 주민등록제도의 근본적인 개혁을 요구해나갈 예정이다.
