진보네트워크센터는 2002년 <투자협정‧WTO 반대 국민행동 도하개발어젠다(DDA) 대응팀>에 참여하는 등 신자유주의 세계화 반대입장을 견지해왔다. 특히 국내 지적재산권 제도는 세계무역기구(WTO) 트립스(TRIPs) 협정이나 세계지적재산권기구(WIPO)의 협정에 의해 규정되기에, 지적재산권에 대한 비판은 국제적인 신자유주의 반대와 연결될 수밖에 없었다.
2006년 초 갑작스럽게 한미FTA 협상 개시가 발표되면서, 한미FTA 반대 활동은 진보네트워크센터와 정보공유연대의 2006년~2007년 핵심 사업이 되었다. 2006년 4월 11일, 공공의약센터, 문화연대, 정보공유연대 IPLeft, 진보네트워크센터, 함께하는시민행동, HIV/AIDS인권모임나누리+ 등 6개 단체가 참여하는 <한미FTA 저지 지적재산권 분야 대책위원회>(http://nofta-ip.jinbo.net)를 구성하고, 한미FTA 저지 범국본 활동에 결합하였다. 지적재산권 대책위는 미국이 체결한 FTA 협상의 지적재산권 분야를 연구하였으며, 같은 해 5월 10일 ‘한미FTA 지적재산권 분야에 대한 의견서’를 제작하여 외교통상부에 제출하였다. 이 의견서는 한미FTA 저지 범국본에서 제출된 의견서 중 가장 전문성을 담보한 의견서 중 하나로 평가된다.
이후 한미FTA 지적재산권 협상의 문제를 대중적으로 이슈화하기 위해 다양한 활동을 전개하였다. 5월 24일~27일에는 <한미FTA저지, 지적재산권 강화 반대 대중문화제>를 개최하였다. 대중문화제는 한미FTA 저작권 분야 대중토론회, 로렌스 레식 초청 특별 강연, 태국감염인 초청 특별 강연, 도로시 키드 초청 워크샵, 한미FTA와 의약품에 관한 대중토론회, 한미FTA저지와 PLWHA 건강권 쟁취를 위한 국제연대 세미나, "지식을 민중에게로" 지적재산권 강화반대 투쟁영화제 등으로 이루어졌다.
5월 22일~7월 11일까지는 한미FTA 반대 지적재산권 쟁점 릴레이 만화 캠페인 "한미 FTA 지재권 협상, 대량난감"을 통해 총 14회에 걸쳐 한미 FTA의 지적재산권 쟁점을 컬럼과 만화로 제작하여 알렸다. (http://blog.jinbo.net/nofta_ip) 이는 지적재산권 이슈가 일반 대중들에게 매우 어려운 주제임을 감안한 것이다. 9월~11월에는 매주 토요일, 한강, 청계천 등지에서 시민문화제와 서명운동을 진행하였으며, 11월 16일에는 성공회대 피츠버그홀에서 ‘저작권 강화와 공동체의 위기 – 보호기간 연장과 기술적 보호조치를 중심으로’라는 주제로 자유소프트웨어 운동의 창시자인 리차드스톨만 초청 강연회를 열었다. 이러한 사업들을 통해 한미FTA 협상과 관련한 내용 뿐만 아니라, 디지털 저작권, 의약품 특허 등 정보사회의 지적재산권 문제를 대중적으로 알릴 수 있는 계기가 되었다.
그러나, 1년이 넘게 진행된 저지 투쟁에도 불구하고, 2007년 4월 2일 결국 한미FTA 협상이 타결되었다. 지적재산권 분야의 경우 비위반제소를 제외한 모든 의제(의약품 자료독점권 품목 확대, 허가-특허연계, 소리-냄새 상표 인정, 저작권보호기간 연장, 일시적 저장의 복제권 인정, 기술적 보호조치 확대, 비친고죄 적용 대상 확대, 법정손해배상액 제도 도입, 형사처벌의 양형기준 도입 등)가 미국 정부가 요구한 대로 타결되었다. 이후 2007년 8월부터 한미FTA 합의사항 이행을 위한 관련 법안들(특허법, 저작권법, 실용신안법, 디자인법, 컴퓨터프로그램보호법, 상표법)의 개정안이 제출되었다.
타결 직후 지적재산권 대책위는 한미FTA 협상의 지적재산권 조항을 구체적으로 분석하고 비판하는 작업에 집중하였다. 2007년 5월 2일 한미 FTA 문화분야 협상 결과 평가 토론회, 5월 28일 한미 FTA 저작권/의약품 특허권 독소조항 설명 기자회견, 6월 4일 정부의 ‘한미 FTA 허가-특허 연계 조항’ 해명에 대한 반박 논평, 6월 11일 한미 FTA 문화분야 협상 결과 검토 의견서 발표 등이 진행되었다. 또한, 6월 20일 한미FTA 저지 범국민운동본부의 『한미 FTA 협정문 종합분석 보고서』 발간에 맞춰, 지적재산권 분야에 대한 종합보고서를 발표하였다. 이후 국회에서 한미FTA 협정을 저지하기 위해 노력하였다.
한편, 2007년 5월부터 EU와의 FTA 협상이 시작되었으며, 지적재산권 대책위원회는 한EU FTA의 지적재산권 이슈에 대해서도 대응하였다. 한EU FTA 지적재산권 분야 협상 의제로 제안된 것은 공연보상청구권, 추급권, 의약품 자료독점기간 연장, 지리적 표시, 집행규정 등이었으며, 이 중 추급권과 의약품 자료독점기간 연장은 EU가 철회하였다. 지적재산권 대책위는 한EU FTA 지적재산권 협상 주요 이슈를 분석하여 5회의 릴레이 컬럼을 발표하였으며, 11월 22일 한EU FTA 협상에 대한 의견서를 발표하였다. 의견서는 계간 <액트온> 2호에 게재되었다.
2008년에는 위조방지무역협정(ACTA)에 대한 대응을 하고 있다. ACTA는 지적재산권의 국경 간 집행을 강화하기 위한 복수국가 무역협정으로 미국, EU, 일본 등이 주도하고 있으며, 한국 정부도 참여하고 있다. 이들 선진국들이 ACTA와 같은 복수국가 협정으로 눈을 돌린 이유는 WTO TRIPs나 세계지적재산권기구(WIPO) 등 다자간 기구는 개발도상국을 포함한 다양한 국가가 참여하고 있어 협정 체결이 쉽지 않기 때문이다. 그러나 ACTA는 의제나 협정 초안 등이 공개되지 않은 채 비밀리에 진행되고 있어, 국제 시민사회의 우려를 사고 있다. 국제 시민사회단체들은 ACTA 협상이 의약품 접근권, 프라이버시권 등 기본권을 침해할 것을 우려하고 있으며, ACTA 협상을 투명하게 공개할 것을 요구하고 있다. 진보네트워크센터와 정보공유연대는 2008년 9월 15일, ACTA 협정의 공개를 요구하는 국제 시민사회단체들의 공동행동에 함께 하였다.
