2000년 이후 정부는 디지털 환경에서의 저작권과 관련한 법개정을 거의 매해 추진해왔다. 디지털 환경에서 저작권의 권리와 제한을 어떻게 규정할 것인지는 폭넓은 연구와 토론 속에서 신중하게 검토되어야 함에도 불구하고, 정부가 제출한 저작권법 개정안은 단지 저작권자의 권리를 강화하는 방향으로 편향된 것이었으며, 이에 따라 공정이용의 권리는 계속 위축되어 왔다. 문화는 비영리적 소통과 생산을 포괄하는 것임에도 불구하고, 정부가 문화를 보는 관점은 ‘문화산업의 육성’에 한정되어 있었다.
2000년에는 저작권법 개정을 통해 저작자에게 ‘전송권’을 부여하였는데, 이로써 인터넷 게시판 등을 통해 타인의 저작물을 제공하는 것은 저작권법 위반이 되었다. 2001년에 발의된 저작권법 개정안은 △ 창작성없는 데이터베이스의 보호, △ 디지털 도서관의 공정이용 범위 축소 △ 기술적 보호조치의 보호 등의 내용을 담고 있다. 창작성도 없는 데이터베이스를 저작권법으로 보호하겠다는 것은 저작권법이 ‘창작’을 보호하는 법이 아니라, ‘투자’를 보호하는 법임을 선언한 것이다. 도서관에서 디지털 방식으로 동시에 열람할 수 있는 사람의 수를 도서관이 보관하고 있는 책의 부수로 한정하고, 도서관 간의 자료전송을 금지함으로써, 사실상 디지털 도서관을 무력화시켰다. 해당 도서관에 직접 가서 열람해야만 한다면, 어떻게 디지털 도서관이라고 할 수 있겠는가? 책읽는사회만들기국민운동, 문화개혁을위한시민연대, 진보네트워크센터, 정보공유연대 등은 성명 및 의견서를 제출하고, 2002년 8월 28일 <디지털도서관의 역할과 방향 모색> 토론회를 개최하는 등 저작권법 개정에 반대하는 활동을 전개하였다. 그러나 개정안은 결국 2003년 5월 국회에서 통과되었다.
2005년 초 인터넷 공간은 떠들썩했다. 수많은 누리꾼들이 자신의 블로그나 카페, 미니홈피에 올렸던 배경음악을 내리고 게시물을 삭제한 것이다. 2004년 10월 국회를 통과하고, 2005년 1월 17일 시행된 저작권법 개정안 때문이다. 이는 실연자 및 음반제작자 등 저작인접권자에게도 전송권을 부여하는 내용이었다. 사실 2000년 저작권법 개정으로 저작자에게 전송권이 주어져, 이번 법 개정 자체가 상황을 크게 변화시킨 것은 아니었다. 그러나, 일반 누리꾼들에게는 이번 법 개정으로 2005년에야 자신의 미니홈피 등에 배경음악을 올리면 안된다는 것이 인식되었고, 이는 누리꾼들의 커다란 반발을 불러왔다. ‘네티즌을 범죄자로 몰지마라'(http://cafe.daum.net/nethim), ‘No Music No Blog'(http://cafe.naver.com/nomusicnoblog), ‘인터넷을 다죽이는 저작권법 개정하라'(http://ipleft.or.kr/antilaw 2009년 http://ipleft.or.kr/node/2277 변경) 등 누리꾼들의 항의의 목소리가 빗발쳤다. ‘인터넷에 배경음악을 돌려줍시다’는 취지로, 저작권법에 저촉되지 않는 공개음악을 자유롭게 올리고 다운받을 수 있는 사이트(FreeBGM.net)도 생겨났다. 저작권법 개정을 담당한 국회 문화관광위원회 의원들 역시 자신의 홈페이지에서 사전 허락없이 기사 스크랩을 제공하는 등 저작권법을 위반해왔다는 사실이 드러나
망신을 사기도 하였다. 이는 저작권법 개정이 얼마나 일반인들의 상식과 일치하지 않는지 보여주고 있다. 2005년 1월, 진보네트워크센터와 정보공유연대는 누리꾼들과 함께 <저작권법 개정을 위한 네티즌 연대모임>을 구성하고, 2월 14일 공동성명서를 발표함과 동시에 저작권법 불복종운동으로서 14일부터 일주간 노무현 대통령과 국회 문화관광위원회 소속 의원들에게 애국가 선물하기 캠페인, 홈페이지와 블로그에서 애국가 배경음악 들려주기 캠페인 등을 벌였다.
문화관광부는 2005년 3월 8일, 열린우리당 이광철, 정청래, 윤원호 의원을 통해 공청회를 개최하고 저작권법 전문개정을 추진하였다. 또한, 문화관광위원회 법안심사소위 위원장이었던 우상호 의원은 10월 31일 별도의 저작권법 개정안을 대표발의하였다. 이 법안들은 문화관광위원회 대안으로 합쳐져 2005년 12월 6일 상임위를 통과하였는데, △ P2P 및 웹하드 서비스제공자에게 불법복제를 차단하기 위한 기술적 조치의 의무화, △ 문광부 장관 등이 불법복제물을 수거, 폐기 및 삭제할 수 있는 명령권 부여, △ 저작권 위반의 비친고죄화 등 심각한 독소조항을 포함하고 있었다. 진보네트워크센터와 정보공유연대는 저작권법 전문개정안에 대해 반대하는 사이트(http://blog.jinbo.net/ipleft)를 구축하고 독소조항 폐기를 요구하는 활동을 전개하였다. 2005년 12월 29일에는 개정안 중 비친고죄 조항에 반대하는 의견서를 작성하여 105명의 교수, 변호사의 서명을 받아 발표하기도 했다. 개정안 반대운동은 저작권법 개정안을 거의 1년여 동안 국회 법사위에 계류시켰으나, 결국 2006년 11월 29일 법사위를 통과하였다.
진보네트워크센터와 정보공유연대는 저작권법에서 공정이용을 확대하기 위한 입법운동을 전개하기도 하였다. 2005년 12월 7일, 민주노동당 천영세 의원은 공정이용 일반조항 및 디지털 도서관 활성화를 위한 조항 등을 주요 내용으로 하는 저작권법 개정안을 발의하였다. 한국 저작권법은 저작권 예외를 개별적으로 규정하고 있는데, 공정이용 일반조항을 신설함으로써 저작권법에 명시적으로 규정되어 있지 않더라도 일정한 조건을 갖추면 공정이용으로 인정받을 수 있도록 한 것이다. 그러나 천영세 의원안은 국회에서 제대로 논의되지 못하고, 17대 국회 종료와 함께 폐기되었다.
2008년 이명박 정부 들어서도, 저작권 강화를 위한 저작권법 개정안은 이어졌다. 2008년 7월 16일, 문화체육관광부는 소위 ‘삼진아웃제’를 내용으로 하는 저작권법 개정안을 입법예고하였다. 불법복제물에 대한 삭제, 이용자 계정의 해지, 게시판의 폐지, 사이트 폐쇄를 할 수 있는 권한을 문광부 장관에 부여한 것이다. ‘삼진아웃제’는 국제적으로 거대 음반사 등이 주장해오고 있지만, 입법의 선례는 아직 없는 상황이다. 2008년 10월 현재 국회에 발의되지는 않은 상황인데, 진보네트워크센터는 이에 적극 대응해나갈 예정이다.
