여권에 지문을 비롯한 개인정보를 수록하는 것은 국민의 기본권인 개인정보 자기결정권을 제한하는 것이다. 따라서 그 목적이 정당하고, 기본권의 제한은 최소화되어야 한다. 그런데 여권에 지문을 수록하는 것은 위에 살펴본 바와 같이 목적대로 기능할 수 없다. 한국이 본인확인을 잘 하고 싶다고 아무리 많은 생체정보를 수록한다 하더라도, 정작 본인확인을 해 줄 다른 국가들이 생각도 않고 있는데, 어떻게 본인확인의 신뢰성이 올라갈 수 있겠는가? 당장, 한국도 출입국심사에서 지문날인을 시작할 수 있는가? 시작한다면 그것은 어떤 모습인가? 유럽시민들 중 지문을 담은 여권을 지니고 있는 일부 여행자들만 지문을 찍고, 미국/일본 등 세계 각지의 여행자들은 지문을 찍지 않는 식으로 차별적 출입국심사가 진행된단 말인가? 물론, 유럽이 이것을 허락할 리 없다.
여권에 지문을 수록하는 것은 인권침해이고, 위헌이다.