정부의 자의적인 검열은 PC통신에 이어 인터넷으로 확장되었다. 2000년 5월 경, 정보통신윤리위원회는 사회단체 홈페이지 게시판에 올라와있는 ‘백두청년회’ 명의의 게시물에 대해 삭제 요구를 해왔다. 2001년 6월 7일에는 미술교사인 김인규 교사가 자신의 홈페이지에 누드 사진을 올렸다는 이유로 홈페이지 내용의 일부 삭제 요구를 했다. 또한, 2001년 6월 8일에는 자퇴생들의 온라인 모임인 ‘아이노스쿨(www.inoschool.net)’에 대해 강제폐쇄 조치를 내렸다. 2002년 5월 27일에는 군대반대운동 홈페이지(http://www.non-serviam.org)에대해 이용정지 2개월의 시정요구를 통보해왔다. 이와 같은 정부의 검열은 전기통신사업법 53조에 근거한 것이었다. 진보네트워크센터는 이와 같은 정부 검열에 대한 비판을 계속적으로 제기해왔으며, 김인규 교사의 홈페이지를 미러링(mirroring)-홈페이지를 그대로 복제해오는 것-하거나, 폐쇄된 아이노스쿨 사이트에 호스팅 서비스를 제공하였다.
인터넷 표현의 자유를 쟁취하기 위한 투쟁은 2002년 6월 27일로 큰 전기를 맞았다. 헌법재판소에서 전기통신사업법 제53조 불온통신 조항에 대해 위헌결정을 한 것이다. 이는 진보네트워크센터가 1999년에 제기한 것이다. ‘불온’이라는 기준으로 ‘정보통신부’라는 주체가 인터넷의 내용을 규제하는 것은 정부의 검열이라는 것이다. 그러나 정보통신부와 정보통신윤리위원회는 전기통신사업법에 대한 개정안을 제출하면서 ‘불온’을 ‘불법’으로 바꿨을 뿐 자신들의 규제 권한은 계속 유지하려고 했기 때문에, 위헌논란은 여전히 계속되었다. 이에 인터넷국가검열반대 공대위는 ‘전기통신사업법 53조 개정안 반대와 인터넷 검열기구 정보통신윤리위원회 해체를 위한 500인 선언’ 등 개정안에 대한 반대운동을 전개하였으나, 결국 2002년 11월 개정안은 국회를 통과하였다. 해당 조항은 현재 ‘정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률’에 포함되어 있는데, 이에 대해 2008년 7월 16일 헌법소원이 제기되었다.
정보통신윤리위원회 폐지 집회 (2001년 8월 17일)
