진보네트워크센터는 발족 직후 1998년 11월 15일 정식 서비스를 개시하였다. 초기 진보네트워크센터는 사회운동에 대한 네트워크 서비스를 주요 활동으로 삼았다. 초기 진보네트워크 서비스는 기존 참세상 BBS 커뮤니티의 기반 위에서 시작하였으며, 인터넷 서비스는 정보연대 SING에서 제공하던 사회운동 디렉토리와 웹호스팅, 그리고 메일링리스트 서비스를 이전받아 시작하였다.
2008년 11월 14일 오후 5시, 서울대 연건캠퍼스 보건대학원 1층 강당에서 진보네트워크센터 발족식 및 창립총회가 개최되었다. 이날 같은 장소에서 노동네트워크의 발족식 역시 진행되었다.32명의 추진위원, 37명의 발기인이 참여한 가운데 진행된 이날 발족식 및 총회에서, 단체의 정식 명칭을 <진보네트워크센터(영문명 Korean Progressive Network ‘Jinbonet’)>로, 서비스 명칭을 <진보네트워크 ‘참세상'(홈페이지 주소는 http://www.jinbo.net)> 으로 승인하였다. 그동안 추진위원회를 이끌어 왔던 김진균 교수가 대표로 선출되었고, 강정구, 김형준, 서준식, 오세철, 유초하, 윤종현, 이갑용, 장창원, 홍근수 등이 이사로, 조광희 변호사가 업무감사로 강영근 회계사가 회계감사로 선출되었다.
1998년 2월, PC통신 참세상을 운영해오던 바른정보 김형준 씨가 진보네트워크센터 건설을 제안하며, ‘참세상’의 모든 장비와 서비스를 기증하겠다는 의사를 표명하였다. 이에 4월부터 통신연대를 중심으로 진보네트워크센터 건설을 위한 협의모임을 구성하였다. 98년 5월 6일, 전국민주노동조합총연맹, 민주화를위한전국교수협의회, 학술단체협의회, 한국민족예술인총연합, 지식인연대, 통신연대, PC통신 참세상, 정보연대 SING 등이 참여한 가운데 제1차 준비모임이 개최되었으며, 이때 명칭을 <(가칭)진보네트워크센터>로 하고 임시대표로 김진균 교수를 추천하였다.
97년 ‘총파업통신지원단’ 활동은 정보통신 네트워크가 사회운동을 위해 어떻게 활용될 수 있는지 극명하게 보여주었다. 90년대 중반 이후 불어닥친 전 사회적인 정보화 열풍에서 시민사회단체의 정보화에 대한 요구 역시 높아갔다. 이에 따라 사회운동의 정보화를 기술적, 정책적으로 지원할 수 있는 단위의 필요성이 절실하게 요구되었다. 또한, 1990년대에 들어 사회운동이 다양하게 분화함에 따라 좀더 새로우면서도 심화된 사회운동의 소통과 연대 전략에 대한 모색이 시작되었고 그러한 전략의 일환으로 ‘사회운동의 연대네트워크’가 제안되었다. 더불어 신자유주의적 세계화에 대응하기 위한 국제연대에 대한 관심이 늘면서 컴퓨터 네트워크의 역할에 대한 기대 또한 증대되었다.한편, PC통신이나 인터넷이 확산되면서, 네트워크 상의 표현에 대한 검열이나 이용자의 개인정보 요구 등 정부의 통제는 증가하였다. 이러한 상황은 정부의 검열과 통제로부터 자유로운 ‘독립 네트워크’에 대한 요구로 표출되었다.진보네트워크센터 설립 당시 ‘설립목적과 취지’에서는 다음과 같이 언급하고 있다.
1997년 11월 10일~12일, 총파업통신지원단의 활동을 평가하고 컴퓨터 네트워크 운동을 발전시키기 위하여 <제1회 서울국제노동미디어> 행사가 연세대학교에서 개최되었다.(http://lmedia.nodong.net/1997/) 1996년 11월 지식인연대, PC통신 참세상, 노동정보화사업단, 정보연대SING, 노동자뉴스제작단 등 5개 단체가 모여, 미국에서 매년 열리는 LaborTech와 같은 행사를 서울에서 개최하는 것을 노의하였다. 이후 1997년 3월 준비위원회가 결성되었으며, 9월에 조직위원회가 발족하였다. 김진균 지식인연대 대표와 고영구 변호사가 공동 조직위원장을, 박석운 노동정책연구소 소장이 집행위원장을 맡았다.
1996년 12월에 당시 여당이던 신한국당이 국회에서 노동악법과 안기부법을 날치기 통과시키자, 전국적으로 이에 저항하는 노동자 총파업이 일어났다. 이때 ‘통신연대’를 중심으로 한 정보통신운동 활동가들은 총파업을 지원하기 위해 <노동악법‧안기부법 전면철회를 위한 총파업통신지원단>을 구성하여 제도언론으로부터 독립적으로 총파업 지지여론을 조직하였다.총파업통신지원단은 상업통신망 동호회의 속보란을 통하여 총파업 속보를 실시간으로 전파시키고 ‘파업지지’와 같은 말머리달기 운동, 동호회 로고화면이나 홈페이지에 ‘블랙리본달기’ 등의 캠페인을 통하여 총파업에 대한 지지 여론을 확산시켰다. 정기적인 온라인 뉴스레터를 발행하여 총파업 진행상황을 체계적으로 알려내고 당시 고립되어 있던 민주노총 지도부와 채팅을 이용한 온라인 토론회를 개최하기도 했다. 또한 영문 홈페이지를 통한 국제연대로 해외의 진보적 활동가와 단체로부터 총파업 지지와 한국 정부에 대한 항의를 이끌어내었다.
1990년대 초부터 국가보안법, 선거법 등 내용을 규제하는 법률들이 완고하게 통신에 적용되기 시작했다. 통신에서 자료를 다운받은 것에 국가보안법 상의 이적표현물 소지죄가 적용되거나 신문에 게재되었던 김일성 신년사나 서적으로 출판된 공산당 선언을 게시판에 올렸다는 이유로 이용자들이 구속되는 사례도 발생하였다. 또한 전기통신사업법에 제53조(불온통신의 단속)와 제53조의2(정보통신윤리위원회) 조항이 신설되면서 이용자들의 게시물이 삭제되고 아이디가 박탈당하는 사건들이 빈번해지기 시작했다. 정부의 검열이 강화되는 한편으로 상업통신망도 이용자들의 표현을 모니터링하고 삭제하기 시작했다. 이에 1996년 통신연대를 중심으로 <정보통신 검열철폐를 위한 시민연대>가 꾸려져 <통신연대 사이버권리팀>으로 이어지는 통신검열 반대운동이 일었다.
정보화가 심화되어 가면서 국가의 검열‧감시 또한 확산되었고, 컴퓨터 네트워크 등 정보통신기술에 대한 활용으로부터 출발한 국내 정보통신운동은 이에 대응하면서 정보화에 대한 비판적 대응으로 활동의 폭을 넓혀 갔다. 이러한 측면의 형성되었던 초기 활동은 ‘통합전자주민카드 반대운동’과 ‘통신검열 반대운동’이다.정부는 1997년 초에 전자주민카드를 실시하기 위한 주민등록법 개정안을 입법예고했다. 전자주민카드는 주민등록증, 의료보험증, 운전면허증, 국민연금증 등을 하나의 IC카드에 통합하여 전자정부를 구현하고 행정의 효율성과 국민의 행정편의를 증진하겠다는 계획이었다. 그러나 전자주민카드의 실체는 국민의 각종 개인정보에 대해 방대한 양의 데이터베이스를 구축하고 통합하겠다는 것으로서, 국민을 전자적으로 통제하겠다는 발상의 소산이었다.
국내 정보통신 운동을 시작했던 주요 단체 중 하나는 <정보연대 SING(Social Information Networking Group)>이다. 정보연대 SING은 1994년 서울대학교 내 동호회로 출발하였으나, 1995년 SNU를 Social로 바꾸고 사회단체로서의 활동을 시작했다. 강령에서 ‘정보연대는 정보의 상품화를 반대하며, 정보에 대한 평등한 접근을 주장한다’라고 밝힌 것처럼, 정보연대 SING은 반자본주의 운동의 하나로 정보운동을 인식하였으며, 지적재산권 문제를 정보 자본주의 체제를 뒷받침하는 주요 기반으로 보았다. 정보연대 SING은 이와 함께 인터넷을 국내 사회운동에 확산시키는데 주요한 역할을 하였는데, 민주노총 등 홈페이지 제작 지원, 한국진보디렉토리(KPD) 구축을 통한 사회운동단체 디렉토리 서비스, 사회운동을 위한 메일링리스트 서비스 제공 등을 하였다.
