초창기 진보네트워크센터는 네트워크 서비스와 교육 사업에 집중하였다. ‘독립 네트워크’로서 진보네트워크 서비스를 확대하고 안정화시키는 것이 최우선적 과제로 설정되었기 때문이다. 그러나 진보네트워크센터 설립 이전부터 계속되어 온 정보통신 정책에 대한 개입은 통신연대를 매개로 지속되었다.
통신연대 사이버권리팀은 세계인권선언 50주년을 맞아 1998년 12월 10일, 사이버권리선언(http://freespeech.jinbo.net/declare.html)을 발표하였으며, 『사이버권리백서』를 발행하였다. 진보네트워크센터는 정부가 자의적으로 통신 상의 글을 삭제할 수 있도록 한 ‘전기통신사업법 53조’에 대해 위헌소송을 제기하였다. 또한, 통신연대 내에 <작업장감시연구팀>을 구성하고 노동감시에 대한 실태조사를 벌여 99년 노동미디어행사 때 발표하였다. 1998년 새로 들어선 김대중 정부가 통합전자주민카드 사업을 폐기하였으나, 1999년 기존의 주민등록증을 대신하는 플라스틱 주민등록증 일제 갱신 사업을 벌이면서 강제 지문날인제도를 계속 유지하는 것과 함께 주민등록정보를 전산화하는 사업을 시작하자, ‘지문날인 거부운동’과 함께 주민등록증 발급 거부운동을 전개하였다. 한편, 진보네트워크센터는 다른과학편집위원회, 사회진보연대, 서울대 정보공동체 ARG, 통신연대, 정보연대SING, 참여연대 과학기술 민주화를 위한 모임, 한국과학기술청년회와 함께 <지적재산권과 독점 세미나팀>을 구성하여 사회운동 차원에서 지적재산권 이슈를 어떻게 볼 것인지 논의하였으며, 1999년 2월 6일 <지적재산권과 독점 토론회>를 개최하였다. 토론회 이후에도 계속 세미나팀이 운영되었으며, 이후 정보공유연대 IPLeft로 발전하게 된다. 1999년 초에는 정보통신부의 014XY 요금의 인상 계획에 반대하는 운동을 전개하였는데, 네티즌들과 함께 촛불시위를 벌이기도 하였다.
그러나 2000년에 들어와 정보통신 정책 활동을 강화할 필요성이 제기되었다. 우선 사회적으로 정보통신 정책과 관련한 문제제기가 많이 위축되었기 때문이다. 초기 진보네트워크센터는 통합전자주민카드 반대운동 및 정보통신검열 반대운동을 이끌던 통신연대 활동가들이 주축을 이루었다. 비록 검열반대나 지문날인 거부 등과 같은 활동은 지속되고 있었으나, 대부분의 활동가들이 독립 네트워크의 구축에 집중하면서, 상대적으로 정보통신 정책 활동은 축소될 수밖에 없었다.
또한, 진보네트워크센터는 ‘비영리 시민사회단체’ 혹은 ‘정보운동단체’로서의 정체성을 갖고 있었음에도 불구하고, 참세상 BBS나 웹호스팅과 같은 기술적, 서비스적 측면에 집중하면서 여타 시민사회단체들과 ‘사업자-이용자’ 관계로 인식되는 경향이 커져갔다. 이는 내부 활동가 입장에서도 힘이 빠지는 일이었다.
이러한 문제의식 하에 진보네트워크센터는 2000년 초 정책실(2002년에 정책국으로 변경)을 신설하고 제반 정보통신 정책과 관련한 활동을 강화하였다. 정책실 신설 후 다양한 정보운동 이슈 제기로 정보운동단체로서의 진보네트워크센터의 위상을 정립하게 된다. 진보네트워크센터는 정보공유연대 IPLeft(1999년), 정보통신검열반대 공동행동(2000년), 지문날인반대연대(2001년), 노동자감시 근절을 위한 연대모임(2001년), 프라이버시 보호 네트워크(2001년) 등 관련 이슈별 연대체의 결성을 주도하였다.
한편, 2001년부터는 정기국회에 즈음하여 국회가 반영해야 할 정보통신정책 과제를 자료집으로 만들어 배포하였으며, 2002년 대선에서는 <정보 기본권 보장을 위한 대통령 선거 33대 공약>을 제 시민사회단체와 함께 공동으로 제안하기도 하였다. 노무현 정부가 들어선 이후에는 <정보사회 인권보장 4대 핵심과제>를 인수위에 전달하였다. 4대 핵심 과제로는 1) 정보통신부와 정보통신윤리위원회의 인터넷 내용규제 권한 폐지, 2) 프라이버시 보장을 위한 법제도 및 기구 마련, 3) 주민등록업무의 지방자치단체 이전과 열 손가락 강제 지문날인 폐지, 4) 공공기관의 오픈소스 소프트웨어 사용 진흥을 선정하였다.
