진보네트워크센터 설립 당시, 여러 노동, 사회단체들은 상업 PC통신망에 CUG를 개설하거나 정보제공(IP)을 하고 있었고, 일부 단체들은 인터넷 홈페이지도 갖고 있었다. 이들 모두가 네트워크를 활용하고자 하는 사회운동의 성과물들임에도 불구하고, 여러 상업통신망에 분산되어 있었고 PC통신 서비스와 홈페이지가 따로 분리되어 있었기 때문에 어디에 무엇이 있는지 찾기 어려운 형편이었다. 이에 따라 진보네트워크센터는 설립 초기부터 기존의 사회운동의 정보화의 성과를 모아 노동(LaborNet), 환경(EcoNet), 여성(WomenNet), 학생(YouthNet), 인권(Human Rights), 보건의료(Health), 문화(CultureNet) 등 각 부문별 네트워크 연합을 건설하고자 하였다. 이는 진보통신연합(APC)의 미국 회원 네트워크인 IGC가 PeaceNet(평화), EcoNet(환경), ConflictNet(사회갈등), LaborNet(노동), WomensNet(여성) 등 5개의 하위 네트워크로 구성되어 있던 것에 착안한 것이기도 하다. 각 부문네트워크는 자치적으로 운영하되, 진보네트워크센터는 기술, 재정, 운영측면에서 각 부문네트워크를 지원하고, ‘네트워크 회의’를 통해 상호 소통하는 것으로 설정하였다.
진보네트워크센터의 설립에 ’97 서울국제노동미디어가 계기가 된만큼, 노동네트워크의 설립은 진보네트워크센터의 설립과 동시에 추진되었으며, 98년부터 학생네트워크도 준비되었다. 여성네트워크의 경우에는 별도의 운영조직이 꾸려지지 못하고, 참세상 BBS 내에 ‘여성마당’이라는 형태로 운영되었다. 그러나 여타 부문네트워크는 만들어지지 못하였으며, 2008년 현재까지 유지되고 있는 곳은 노동네트워크뿐이다. 애초 기획과 달리 부문네트워크가 제대로 만들어지지 못한 이유는 부문네트워크의 건설이 단지 온라인 데이터베이스나 커뮤니티의 구축이 아니라, 각 운동영역 단체들이 주도적으로 움직이고 단체간 실질적인 연대가 이루어져야 하는데, 이를 설득해내는데 실패했기 때문이다.
