2003년 8월, 중앙선거관리위원회는 국회에 제출한 선거법 개정안에 정당‧후보자‧예비후보자 및 인터넷언론사를 대상으로 한 인터넷 게시판 실명제를 포함하였다. "정당‧후보자‧예비후보자 및 인터넷언론사는 선거일전 120일(대통령선거에 있어서는 300일)부터 그 명의로 개설‧운영하는 인터넷 홈페이지의 게시판‧대화방등(인터넷언론사의 경우 선거기사를 게시하고 그 기사에 대한 의사표시를 할 수 있도록 하는 곳에 한한다)에 선거에 관한 의사표시를 할 수 있도록 하는 경우에는 당해 인터넷 홈페이지를 관리·운영하는 자가 의사표시자의 성명과 주민등록번호를 확인할 수 있는 기술적 조치를 하여야 한다". 그리고 국회 정치개혁특위는 2004년 2월 9일 선거시기 게시판 실명제를 도입하기로 합의하였다.
<인터넷 국가검열 반대를 위한 공대위>로부터 시작된 반대 운동은 직접 당사자인 인터넷 언론사로 확대되었다. 2004년 2월 17일, 인터넷 실명제 철회를 촉구하는 인터넷 언론인‧시민사회단체 공동 기자회견이 있었으며, 2월 19일부터 3차에 걸친 ‘인터넷 실명제 불복종 선언’이 전개되었다. 한편 2004년 2월 17일, 국가인권위원회는 ‘정치관계법 및 그 개정안에 대한 국가인권위원회의 의견표명’에서 인터넷 실명제에 대한 반대의견을 표명하였다.
그러나 결국 선거시기 인터넷 실명제를 포함한 선거법 개정안은 2004년 3월 9일 국회를 통과하였다. 국회 통과 직후, 시민사회단체 및 인터넷 언론(인터넷신문협회, 인터넷기자협회)은 공동으로 기자회견을 개최하고, 인터넷 실명제에 대한 불복종을 선언하였다. 그리고, 2004년 3월 18일, 선거시기 인터넷 실명제에 대한 헌법소원을 청구하였다. 헌법소원에는 인터넷신문협회 이창호 대표(아이뉴스24), 인터넷기자협회 윤원석 대표(민중의소리), 인터넷검열반대를위한공동대책위원회 장창원 운영위원장(목사), 그리고 누리꾼 등 다양한 사람들이 청구인으로 참여했다. 청구의 대리인으로는 김춘희, 김칠준(이상 법무법인 다산), 이은우(법무법인 지평), 김석연(법무법인 명인), 김선수(여민합동법률사무소), 김인회(법무법인 길상), 이상희(법무법인 한결), 이유정(법무법인 자하연) 등 민주사회를위한변호사모임 소속 8명의 변호사가 참여했다. 그러나, 헌법재판소는 2007년 12월 27일, 공직선거법이 개정되었다는 이유로 각하 결정을 내렸다.
선거시기 인터넷 실명제는 2005년 5.31 지방선거에서 처음 시행되었다. 선거 이전부터 시민사회단체, 인터넷언론사 공동으로 인터넷 실명제에 반대하는 캠페인을 진행하였으며, 진보적 언론사들(노동넷방송국, 대자보, 레디앙, 레이버투데이, 민주통신, 민중언론참세상, 민중의소리, 성남일보, 울산노동뉴스, 이주노동자방송국, 프로메테우스, 참소리, 참말로)은 실명제 불복종 캠페인을 벌였다. 그러나 오마이뉴스, 프레시안 등 주요 인터넷 언론사들은 인터넷 실명제를 수용하였으며, 불복종 선언을 한 진보적 인터넷 언론사 중에는 <민중의 소리>만이 실제 실명제 대상에 포함됨으로써 실명제 반대운동이 큰 영향력을 행사하지는 못하였다.
2007년 대통령선거와 2008년 총선을 맞아 인터넷 언론들(노동넷 방송국, 대자보, 레디앙, 미디어스, 민중언론 참세상, 민중의소리, 부안21, 언론개혁시민연대, 울산노동뉴스, 이주노동자방송국, 일다, 인터넷언론네트워크, 전국미디어운동네트워크, 지역인터넷언론연대, 참소리, 한국인터넷기자협회)은 또 다시 인터넷실명제 거부에 들어갔다. 진보네트워크센터는 각 인터넷 언론사의 기사로부터 링크되는 ‘덧글 게시판’을 제공하는 방식(덧글 게시판을 운영하는 것은 언론사가 아니라, 진보네트워크센터이다!)으로 실명제 거부운동을 지원하였다. <민중언론 참세상>은 실명제 거부를 이유로 과태료 1천만원을 부과받았으며, 2004년 4월 4일 재판부에 위헌법률심판제청을 신청하였다.
2007년 11월 22일 선거법 개정 촉구 기자회견
