정보통신부는 2003년 초 홈페이지 게시판에 실명확인제를 도입한 뒤 모든 정부부처와 포털사이트로 확대하겠다고 밝혔다. 이는 시민사회단체와 누리꾼들의 뜨거운 반발을 불러 일으켰으며, 결국 정보통신부는 7월, 법제화를 철회한다고 한발 물러섰다. 2004년에는 4.15 국회의원 선거를 앞두고 국회 정치개혁특위에서 인터넷 언론의 게시판에 실명제를 의무화하는 내용을 선거법에 포함시켜 또 다시 논란이 되었다.
2005년 초, 인터넷에서 소위 사이버폭력이라고 불리는 다양한 사건들(연애인 X파일, 개똥녀, 천사소년, 7악마 사건 등)이 터지면서, 정보통신부는 인터넷 실명제 재추진 의지를 다졌다. 정보통신부는 사이버폭력의 주요 원인으로 인터넷에서의 익명성을 문제 삼으며, 인터넷 실명제를 도입할 것이라고 밝혔다. 정보통신부는 ‘인터넷 익명성에 의한 역기능 연구반’을 운영하였으며, 2005년 10월 31일 포털 사이트에 한해서 제한적으로 실명제를 도입하겠다는 내용을 골자로 한 법안 초안을 공개했다.
시민사회단체들이 반대하는 실명제는 개별 커뮤니티에서 자발적으로 시행하는 실명제가 아니라 법에 의해 강제되는 실명제이다. 익명으로 자신의 의사를 표현할 수 있는 권리는 헌법에서 보장하고 있는 표현의 자유의 본질이며, 국가가 획일적으로 강제하는 실명제는 위헌이라는 것이다. 또한 실명 확인에 쓰이는 주민등록번호 데이터베이스가 애초 수집 목적을 벗어나 이용됨으로써 국민의 프라이버시를 침해하며 주민등록번호의 오남용을 부추긴다는 문제를 갖고 있다.
2008년 들어 이명박 정부는 실명제 의무화 대상을 현재 27개 사이트에서 178개로 확대하는 정보통신망법 시행령 개정을 추진하고 있다.
