전자주민카드 반대운동은 이후 ‘지문날인 반대운동’으로 이어졌다. 1999년 들어 기존의 주민등록증을 대신하는 플라스틱 주민등록증 일제 갱신 사업이 시작되고 ‘강제 지문날인’이 전자적 형태로 반복되었기 때문이다. 이에 대응하여 지문날인을 거부하는 <지문날인 거부자 모임>이 구성되었으며, 이어 서울영상집단, 존재미증명자들의은신처, 주민등록법개정을위한행동연대, 지문날인거부자모임, 지문날인반대프리챌모임, 진보네트워크센터 등 누리꾼‧시민사회단체들이 모여 2001년 8월 <지문날인반대연대>를 구성하였다.(http://finger.or.kr) 이들은 지문날인에 대한 헌법소원심판 청구(1999년 9월), 십지지문 원지의 반환 및 폐기에 대한 행정소송 및 위헌법률심판제청(2002년 8월), 2002년 6.13 지방선거에서의 참정권제한에 대한 헌법소원 제기(2002년 7월), 전국민 열손가락 지문날인에 대한 국가인권위원회 진정(2003년 6월) 등의 활동을 벌였다. 2002년 대선을 맞아서는 지문날인 반대자들의 참정권 보장과 지문날인 강요하는 주민등록증 안쓰기 운동을 벌였다. 한편, <국가신분증명제도와 국민기본권-한,일의 사례를 중심으로> 토론회(2002년 8월 27일) 등 주민등록제도 개혁을 위한 연구작업을 벌였으며, 2003년 3월 『지문날인 반대연대 백서』를 발간하였다.
2004년 3월 7일 열린 주민등록증 지문날인에 대한 청소년 헌법소원 기자회견
2003년 6월, 전국민 열손가락 지문날인에 대한 국가인권위원회 진정
