진보네트워크센터 발족식 및 창립총회는 1998년 11월 14일, 서울대 연건캠퍼스 보건대학원 1층에서 개최되었다. 김진균(서울대) 교수가 대표로 선출되었으며, 이사회는 강정구(동국대 사회학 교수, 학술단체협의회), 김형준(참세상 전 운영자), 서준식(인권운동사랑방), 오세철(연세대 경영학 교수, 지식인연대), 유초하(충북대 철학 교수, 민주화를위한교수협의회), 윤종현(변호사), 이갑용(전국민주노동조합총연맹), 장창원(목사), 홍근수(목사, 향린교회)로 구성되었다. 조광희 변호사가 업무감사, 강영근 회계사가 회계감사를 맡았다. 1998년 12월 10일, 제1차 이사회에서 운영위원으로 강내희(중앙대 영문과 교수, 민교협), 강동진(민중의료연합), 김도형(변호사), 김명준(노동자뉴스제작단), 박석운(노동정책연구소), 백찬홍(기독교사회선교협의회), 이용근(노동네트워크), 이종회(지식인연대), 이철순(한국여성노동자회협의회), 장도리(학생네트워크), 정원오(학술단체협의회), 최경송(청년생태주의자KEY), 최인기(전빈련)를 선임하였다. 이종회 운영위원이 진보네트워크센터 소장을 겸임하였다.
1999년 정기총회는 3월 12일, 건강사회를위한치과의사회 강당에서 개최되었으며, 1999년 사업계획과 예산 등을 승인하였다. 1999년까지 초기 진보네트워크센터 사무국은 조직/기획팀, BBS서비스팀, 웹서비스팀, 기술팀, 교육팀 등으로 구성되었다. 진보네트워크센터의 홍보 및 이용자 조직화 사업, 참세상 BBS와 웹호스팅 등 서비스, 교육사업 등이 중심이었다.
2000년 정기총회는 3월 15일~21일, 온라인 총회로 개최되었다. 2000년에는 정보통신 정책 활동의 강화를 위해 정책실을 신설하였으며, BBS와 웹서비스를 통합하여 온라인사업팀이 담당하였고, 교육팀, 기술팀은 유지되었다. 그리고 참세상 방송국이 독립적으로 운영되었다.
2001년 정기총회는 3월 3일, 한국여성민우회 강당에서 개최되었다. 김진균 대표가 유임된 가운데, 이사회가 새롭게 구성되었다. 강내희(문화연대), 김지영(김지영내과원장), 김형준(참세상 전 운영자), 단병호(전국민주노동조합총연맹), 서준식(인권운동사랑방), 오세철(노동자의 힘), 채만수(한국노동이론정책연구소), 최갑수(민주화를위한교수협의회), 홍근수(향린교회)가 이사로 선출되었다. 업무감사는 조광희 변호사가 계속 맡았고, 임원택(컨설턴트)씨가 회계감사로 선출되었다.
사무국은 회원 및 재정 등을 담당하는 조직운영팀, 인터넷사업팀, 교육팀, 기술팀, 참세상 방송국 등으로 2000년과 비슷하게 유지되었다. 다만, 참세상 뉴스의 강화를 위해 참세상 뉴스 담당자를, 영문뉴스 사이트인 BASE21을 위해 BASE21 담당자를 두었다. 2001년부터 정보운동의 국제연대는 사무국장이 겸임하였고, BASE21은 사회운동의 국제연대를 지원하는 역할로서 자원활동가 및 타 단체와 함께 별도의 프로젝트팀을 구성하여 운영하였다.
2002년 정기총회는 2월 21일, 진보네트워크센터 교육장에서 개최되었다. 2002년 정기총회에서 김진균 교수님이 2년의 임기가 끝나지 않은 상황에서 사임을 하였으며, 강내희 이사를 신임대표로 선출하였다.
실무 조직 체계도 정책국, 미디어국, 기술국으로 새롭게 정비하였다. 정책국은 정보통신 정책 이슈를 맡았고, 미디어국은 기존의 참세상 뉴스와 참세상 방송국을 통합하여 BASE21까지 포함한 진보네트워크의 언론/미디어로서의 역할을 총괄하여 담당하였다. 기술국은 참세상 공동체 관리, 서버 관리, 기술 개발, 웹호스팅 서비스 관리 등을 담당하였다. 즉, 진보네트워크센터의 활동 영역이 크게 정보통신 정책, 대안 미디어, 진보 네트워크의 구축 등 세 영역으로 규정된 것이다.
2003년 정기총회는 3월 28일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었다. 2003년 총회에서는 기존에 이사회 및 집행위원회 체제로 2원화되어 있던 것을 운영위원회로 단일화하였다. 조직 규모에 비해 너무 다층적 구조이고, 이사들의 실제 참여율도 높지 않았기 때문이다. 강내희 대표가 새로운 임기를 시작하였으며, 채만수(한국노동이론정책연구소 소장), 이종회(진보네트워크센터 소장), 김형준(참세상 전 운영자), 강남훈(한신대 사회과학부 교수), 김명준(영상미디어센터 소장), 이성우(민주노총 정보화추진단 단장), 이용근(노동정보화사업단), 장창원(노동네트워크), 이은우(민변, 변호사), 남희섭(정보공유연대 IPLeft, 변리사)이 운영위원으로 선출되었다.
2003년에도 2002년과 마찬가지로 정책국, 참세상방송국(미디어국), 기술국 체제로 운영되었다. 영문뉴스 사이트인 BASE21은 운영을 중단하였고, 2002년부터 축소된 교육 사업도 중단하였다. 2003년에 창간된 월간 <네트워커>는 정책국에서 담당하였는데, 취재와 집필은 함께 하되 월간 <네트워커>를 전담할 편집장을 두었다. 또한, 운영위원회와 별도로 ‘네트워커 편집위원회’를 구성하였다.
2004년 정기총회는 2월 18일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었다. 2004년 총회에서 강내희 대표와 조광희 감사가 사의를 표명하였다. 이에 이종회 소장이 신임대표로 선출되었으며, 강남훈 교수와 이지선 변호사가 감사를 맡았다. 이종회 소장이 대표를 맡게 됨으로서 소장은 공석이 되었으나, 정관 개정은 하지 않고 일단 그대로 두기로 하였다.
2004년 ‘진보적 온라인 공동체 형성’을 핵심 과제로 선정함으로써, 참세상 방송국의 인력을 대폭 충원하였다. 참세상 방송국은 4.15 총선 대응을 함께 했던 another0415.net과 통합하고, 이름을 ‘미디어참세상’으로 변경하였다. 전반적인 조직 구조는 정책국, 미디어참세상, 기술국의 구조를 그대로 유지하였다.
2004년 2월 14일, 진보네트워크센터 설립 초기부터 함께 하셨고, 초대 대표를 역임하셨던 고 김진균 선생님께서 별세하셨다.
2005년 정기총회는 3월 25일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었다. 이종회 대표가 2년의 임기를 다시 시작하였으며, 강남훈 교수는 감사직책과 중복으로 맡는 것은 좋지 않다는 의견에 따라 운영위원을 그만두었다. 2005년 운영위원회는 채만수, 김형준, 김명준, 이성우, 이용근, 장창원, 이은우, 남희섭 등 8명으로 운영되었다.
2005년 5월, 미디어참세상이 ‘민중언론 참세상’으로 조직적으로 독립하게 된다. 이에 따라 진보네트워크센터 사무국은 정책국과 기술국 중심으로 운영되었으며, 이외 사무국장, 재정담당, 회계담당을 두었다.
진보네트워크센터는 2000년 이후 재정 및 회원 업무를 특정인이 전담하는 것이 아니라 상근 활동가들이 순환하여 맡고 있다. 이는 재정 및 회원 업무가 조직의 운영에는 필수적인 반면, 단순 노동의 성격이 강하기 때문이다. 또한 재정 및 회원 업무를 순환적으로 담당함으로써, 활동가들이 자기가 맡고 있는 사업뿐만이 아니라 진보네트워크센터 전체 운영과 관련된 이해를 높일 수 있다는 이점도 있었다.
2006년 정기총회는 1월 24일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었으며, 특별한 정관개정 사항이나 임원 변동은 없었다. 그러나 사무국 체계에는 큰 변화가 있었는데, 기존의 국 체계나 사무국장 등의 공식 직함을 폐지하고 활동가들의 네트워크 구조로 전환한 것이다. 미디어참세상이 독립함으로써, 진보네트워크센터의 활동가가 대폭 축소되었고, 그럼에도 국 체제가 유지됨으로써 활동가 사이의 분업화가 강화되고 소통이 부족하다고 판단하였다. 이는 정책과 기술 영역의 활동이 구분되는 것이 아니라, 상호 교차와 협업을 강화하기 위한 시도였다. 또한 국장과 국원이라는 위계구조를 폐지함으로써, 수평적인 내부 소통 체계를 강화하기 위한 목적이었다. 대신 사무국 활동을 전반적으로 조정할 코디네이터를 두었지만, 코디네이터의 역할은 축소해나가는 방향으로 하고 활동가들의 자발적인 협력을 활성화하려 노력하였다. 국 체제는 해소되었지만, 사업에 따라 복수의 팀을 두었다.
2007년 정기총회는 2월 8일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었으며, 신기섭(한겨레신문 기자), 김기중(변호사)이 새 운영위원으로 선출되었다. 그리고 김도형 변호사가 새 감사로 선출되었다. 월간 <네트워커>가 2006년으로 종간함에따라, 2007년부터 ‘네트워커 편집위원회’ 역시 해소되었다.
2008년 정기총회는 2월 29일, 진보네트워크센터 회의실에서 개최되었다. 현재 진보네트워크센터는 이종회 대표를 비롯하여, 오병일, 장여경, 황규만, 김하나(달군), 김승욱, 홍지은, 김지성 등 8명이 상근으로 활동하고 있다.
