1996년 내무부는 주민편의와 비용절감을 이유로 주민등록증·국민연금증서·의료보험증·인감증명서 등 7개분야 41개 정보를 집약해 하나의 IC칩 속에 담겠다는 계획을 밝혔다. 같은 해 10월 인권사회단체들은 정보누출시 막대한 프라이버시 침해와 정보독점에 따른 정부 통제의 강화 등을 지적하며 ‘통합 전자주민카드 시행반대와 프라이버시권 보호를 위한 시민사회단체 공동대책위원회’를 구성하고 반대운동을 시작했다.

인권사회단체들의 적극적인 반대운동과 전자주민카드 도입에 반대입장을 밝힌 김대중 후보가 대통령에 당선되면서 1998년 전자주민카드 사업은 중단되었다. 전자주민카드 반대운동은 주민등록제도에 대한 문제의식으로 이어져 1999년 ‘지문날인 거부운동’으로 확대되기도 하였다.

그러나 정부는 전자신분증을 도입하려는 시도를 포기하지 않았다. 2001년 보건복지부는 ‘전자건강보험증’을 도입하겠다고 밝혀 ‘제2의 전자주민카드’라는 비판을 받았다. 복지부는 건강보험 부당청구를 막는다는 이유로 △주민번호 △지문 △이름 △혈액형 △처방내역 △병력사항 등 각종 개인정보를 IC칩에 담겠다는 계획을 내놨다가 반대 여론에 부딪혀 포기하였다. 2003년에는 국민건강보험공단 등 관련 공무원과 삼성 에스디에스, 엘지 시엔에스 등 대기업이 공동으로 컨소시엄을 구성해 전자건강카드 사업을 재추진하였다가 보류하였다.

2005년 10월, 행정자치부는 새 주민등록증 사업을 시작하겠다고 발표했다. 2005년 9월부터 2006년 4월까지 한국조폐공사컨소시엄에 ‘정보화시대에 적합한 주민등록증 발전모델 연구’를 발주하였으며, 3차례에 걸친 공청회를 개최하였다. 2006년 9월 22일 발표된 연구결과에 의하면 IC 기반의 스마트카드 채택을 권고하고 있다. 진보네트워크센터를 비롯한 시민사회단체들은 2006년 4월 17일, ‘전자주민증 도입 반대와 주민등록제도 개혁을 위한 시민사회단체 기자회견’을 개최하고, 막대한 예산을 들여 굳이 현행 주민등록증을 IC카드로 바꿀 이유가 없으며, 오히려 행정자치부는 주민등록제도 개혁에 나설 것을 촉구하였다.

2008년에는 끝내 외교통상부가 IC칩을 내장한 전자여권 제도를 도입하는데 성공하였으나, 인권사회단체들의 반대로 지문 정보 수록은 보류되었다.