전자주민카드 반대운동은 이후 ‘지문날인 반대운동’으로 이어졌다. 1999년 들어 기존의 주민등록증을 대신하는 플라스틱 주민등록증 일제 갱신 사업이 시작되고 ‘강제 지문날인’이 전자적 형태로 반복되었기 때문이다. 이에 대응하여 지문날인을 거부하는 <지문날인 거부자 모임>이 구성되었으며, 이어 서울영상집단, 존재미증명자들의은신처, 주민등록법개정을위한행동연대, 지문날인거부자모임, 지문날인반대프리챌모임, 진보네트워크센터 등 누리꾼‧시민사회단체들이 모여 2001년 8월 <지문날인반대연대>를 구성하였다.(http://finger.or.kr) 이들은 지문날인에 대한 헌법소원심판 청구(1999년 9월), 십지지문 원지의 반환 및 폐기에 대한 행정소송 및 위헌법률심판제청(2002년 8월), 2002년 6.13 지방선거에서의 참정권제한에 대한 헌법소원 제기(2002년 7월), 전국민 열손가락 지문날인에 대한 국가인권위원회 진정(2003년 6월) 등의 활동을 벌였다. 2002년 대선을 맞아서는 지문날인 반대자들의 참정권 보장과 지문날인 강요하는 주민등록증 안쓰기 운동을 벌였다. 한편, <국가신분증명제도와 국민기본권-한,일의 사례를 중심으로> 토론회(2002년 8월 27일) 등 주민등록제도 개혁을 위한 연구작업을 벌였으며, 2003년 3월 『지문날인 반대연대 백서』를 발간하였다.

그러나, 2005년 5월 26일, 헌법재판소는 전국민 지문날인제도에 대해 합헌결정을 내렸다. 법적 근거도 없이 수집되고 있는 지문정보에 대해 헌법재판소는 범죄수사에 효율적이기 때문에 합헌이라는 요지의 무리한 판결을 내린 것이다. 이는 현 사회체제의 유지에 큰 영향을 미치는 사안에 대해서는 매우 보수적인 입장을 견지하는 헌법재판소의 경향을 보여준다. 이 판결에 대해 진보네트워크센터, 지문날인반대연대 등은 비판 기자회견, 토론회, 서명운동 등으로 그 부당함을 알리고자 했으나, 헌법재판소의 결정 자체를 뒤집을 방안은 없었기 때문에, 향후 지문날인 폐지를 위한 운동은 주민등록법 개정을 추진하는 것으로 방향을 잡았다.