2007년 외교통상부는 지문을 수록함과 동시에 여권을 전자화하는 생체(전자) 여권 도입을 추진하였다. 이는 2005년 9월 위·변조 방지 등 보안강화를 위해 사진부착식 구 여권을 사진전사식 신 여권으로 교체·발급한 지 불과 1년만에 추진되기 시작한 것이다. 정부가 설명한 도입목적은 1년전의 목적―보안강화, 국민편의 제공 등―과 똑같았고 인권침해와 예산낭비 논란이 제기되었다. 진보네트워크센터, 천주교인권위원회 등은 인권단체연석회의에 생체여권 대응팀을 만들고 이에 대응하였다.(http://biopass.jinbo.net) 그러나 2007년 9월 발의된 여권법 개정안은 외교통상부의 압력과 국회의원들의 무관심 속에 2008년 2월, 지문수록만 2년 유예된 상태로 국회 통외통위를 통과하였다.

이후 생체여권 대응팀은 2008년 4월부터 ‘전자여권 반대한다! 자유를 위한 재발급 선언!’ 캠페인을 전개하였으며, 4월 22일 기자회견 및 재발급신청 행동을 하였다. 또한 전자여권 발급이 시작된 직후 9월에는 인터넷에서 구입한 RFID 리더기와 역시 인터넷에서 다운받은 프로그램을 이용하여 전자여권의 전자칩에 저장되어 있는 개인정보(이름, 사진, 주민등록번호, 여권번호, 만료일 등)들을 모니터로 읽어내는 시연을 통해 전자여권이 정부의 설명과 다르게 보안이 취약하고 개인의 자기정보통제권을 침해한다는 것을 보여주었다. 이는 2008년 정기국회 국정감사에서도 지적되었다. 생체여권 대응팀은 계속적으로 지문 및 주민등록번호의 삭제, 국민들의 여권 선택권 보장 등을 요구할 계획이다.